CWL 주위의 Requirements 일주일: In line Javascript Requirement

이 글은 CWL Advent Calendar 2020의 다섯째 날의 글이다.
Common Workflow Language(CWL)에서는 워크플로우 실행 처리 시스템을 충족해야 하는 기능 외에도 Process requirements라 불리는 optional features를 표준화[1]했다.
이번에는 CWL v1.2에서 정의한 InlineJavascriptRequirement에 대해 간단한 해설을 하겠습니다.또 각 샘플은 가능한 한 공식 기준도 테스트에 사용된 파일을 인용한다.

독자 대상

CWLrequirements을 뜯었지만 잘 몰라요.

즉 중급자 이상을 대상으로 한 것이다.

초보자향CWL Advent Calendar 2020의!

예제

첫날 기사 : Conformance test #14 :

#!/usr/bin/env cwl-runner

class: ExpressionTool
requirements:
  - class: InlineJavascriptRequirement
cwlVersion: v1.2

inputs:
  i1:
    type: Any
    default: "the-default"

outputs:
  output: int

expression: "$({'output': (inputs.i1 == 'the-default' ? 1 : 2)})"

InlineJavascriptRequirement에 기술된 경우requirements와 $()에 포위된 부분은 해석tests/null-expression1-tool.cwlJavaScript의 코드로 사용되었다.
위의 예

입력 매개 변수${}를 제시하지 않았을 때i1를 "the-default"로 평가(입력 매개 변수의 값은 inputs.i1에서 참조할 수 있음)inputs.パラメータ名 필드의 자바스크립트의expressionexpression에서 평가한다.결과는 ExpressionTool의 출력 매개변수1로 반환outputs.output됩니다.

1 이외의 i1가 교부되었을 때 "the-default"로 되돌아오다outputs.output.

2 매우 강력하지만 독자들에게 큰 부담이 될 수 있으므로 InlineJavascriptRequirement 등의 대체 수단이 있다면 그것을 사용하는 것이 좋다.

덤

Zenn의 코드 블록이 CWL을 지원하지 않아서 슬펐어요.
각주
즉, Processrequiremens를 포함한 작업 흐름과 도구 정의는 CWL 표준에 부합되는 모든 작업 흐름 실행 처리 시스템에서 실행될 수 없다.자세한 내용은 [2]를 참조하십시오.[3]
이와 비슷한 복잡한 규격은 별편 보도이 있다.outputBinding.glob 자바스크립트로 해석하느냐 파라메터 레퍼런스로 해석하느냐는 유무$()에 따라 판단할 수 있기 때문에 다른 사람이 쓴 CWL을 읽을 때 주의해야 한다.↩︎
JavaScript를 실행하려면 Parameter references가 필요합니다.↩︎ 중 Node.js와 InlineJavascriptRequirement 두 가지를 지정하면 다운로드몇 개의 처리 시스템를 받고 실행하기 때문에 약간의 주의가 필요하다.DockerRequirement