CWL 주위의 Requirements 주간: NetworkAccess

이 글은 CWL Advent Calendar 2020 15일째 되는 글이다.
Common Workflow Language(CWL)에서는 워크플로우 실행 처리 시스템을 충족해야 하는 기능 외에도 Process requirements라 불리는 optional features를 표준화[1]했다.
이번에는 CWL v1.2에서 정의한 NetworkAccess에 대해 간단한 해설을 하겠습니다.또 각 샘플은 가능한 한 공식 기준도 테스트에 사용된 파일을 인용한다.

독자 대상

CWLrequirements을 뜯었지만 잘 몰라요.

즉 중급자 이상을 대상으로 한 것이다.

초보자향CWL Advent Calendar 2020의!

예제

첫날 기사 : Conformance test #223 :

class: CommandLineTool
cwlVersion: v1.2
requirements:
  DockerRequirement:
    dockerPull: python:3
  NetworkAccess:
    networkAccess: true
inputs: []
outputs: []
baseCommand: python
arguments:
  - "-c"
  - valueFrom: |
      import urllib.request
      assert(urllib.request.urlopen("http://commonwl.org").code == 200)

일반적으로 네트워크상의 자원을 참고하지 않는 도구나 작업 절차는 재현성을 확보하기 쉽다.실행 시 필요한 파일을 자동으로 다운로드하는 작업 흐름은 네트워크가 제한된 환경에서 이동할 수 없기 때문에 더욱 주의해야 한다tests/networkaccess.cwl.NetworkAccess를 사용하면 작업 흐름의 사용자와 계산 자원에 대한 관리자의 주의를 끌 수 있고 처리 시스템이 더욱 쉽게 이해할 수 있는 오류 정보를 보낼 것이라고 기대할 수 있다.
각주
즉, Processrequiremens를 포함한 작업 흐름과 도구 정의는 CWL 표준에 부합되는 모든 작업 흐름 실행 처리 시스템에서 실행될 수 없다.자세한 내용은 [2]를 참조하십시오.별편 보도
CWLFile 유형location 필드에 URI(e.g.,http://...와 https://...를 지정하면 데이터 다운로드를 위한 절차가 작업 프로세스에 포함되지 않고 처리 시스템에 다운로드를 제공할 수 있습니다.그러나 file 이외의 URI scheme는 옵션이기 때문에 처리 시스템이 목적의 URI scheme를 지원하는지 주의해야 한다.↩︎