CWL 주위의 Requirements 일주일: Docker Requirement

이 글은 CWL Advent Calendar 2020 열흘째 되는 글이다.
Common Workflow Language(CWL)에서는 워크플로우 실행 처리 시스템을 충족해야 하는 기능 외에도 Process requirements라 불리는 optional features를 표준화[1]했다.
이번에는 CWL v1.2에서 정의한 DockerRequirement에 대해 간단한 해설을 하겠습니다.또 각 샘플은 가능한 한 공식 기준도 테스트에 사용된 파일을 인용한다.

독자 대상

CWLrequirements을 뜯었지만 잘 몰라요.

즉 중급자 이상을 대상으로 한 것이다.

초보자향CWL Advent Calendar 2020의!

예제

첫날 기사 : Conformance test #7 :

#!/usr/bin/env cwl-runner
class: CommandLineTool
cwlVersion: v1.2
doc: "Print the contents of a file to stdout using 'cat' running in a docker container."
hints:
  DockerRequirement:
    dockerPull: debian:stretch-slim
inputs:
  file1:
    type: File
    label: Input File
    doc: "The file that will be copied using 'cat'"
    inputBinding: {position: 1}
outputs:
  output_file:
    type: File
    outputBinding: {glob: output.txt}
baseCommand: cat
stdout: output.txt

DockerRequirement에 사용할 용기 이미지를 지정하면 용기 운행 시간에 이 그림에 포함된 도구를 실행할 수 있습니다.위의 예는 tests/cat3-tool.cwl 그림의 debian:stretch-slim 명령을 사용합니다.또한 컨테이너 내에서 파일을 참조하는 명령 옵션 설정 등 실행 처리 시스템이 자동으로 진행된다.
컨테이너 이미지도 스스로 제작할 수 있다. 예를 들어 생명과학 분야cat 등 지역사회에서도 도구의 컨테이너화 제공을 하는 경우가 있는데 가능하면 지역사회와 도구를 이용한 작가가 직접 제공한 컨테이너 이미지를 이용하면 된다.
또 DockerRequirement라는 이름이 있지만 컨테이너 운행 시간BioContainers이 꼭 그렇지는 않다.실행처리시스템에 따라 대응Docker과uDocker가 가능하기 때문에 관리자 권한이 없는 환경에서도 컨테이너를 사용할 수 있다.

덤

올해는 2020년이다.Singularity에서 보듯이

2020년대에 공구를 설치하면 진다

그렇다고 생각하세요.따뜻한 손으로 공구를 평평하게 설치할 때까지.
더 나아가 컨테이너 이미지를 평평하게 만들 때까지 스스로 만든다.가능한 한 커뮤니티에서 만든 인상을 사용하세요.

중요한 일이니까 다시 한 번.

수동 설치 도구 실패

재현성이 필요한 도구는 용기

를 사용하십시오

안 되면 brew 또는 apt 패키지 관리자로 설치하세요

컨테이너 이미지를 수동으로 구축하는 데 실패했습니다.

이 보도 등 지역사회에서 제공하는 컨테이너를 이용하세요

아래의 경우에만 고충을 물어뜯은 표정을 지으며 컨테이너를 설치한 건물과 수작업

지역사회에 대응하는 용기가 제공되지 않은 경우

빌딩이 된다면 지역사회로 복원할 수 있을지 생각해 보세요!잘 되면 컨테이너를 직접 관리할 필요가 없을 것 같아!(지역사회에 관리를 강요하는 스타일)

다양한 패키지 관리자가 제공하지 않는 경우

안전 원인

도구의 작성자 자신

각주
즉, Processrequiremens를 포함한 작업 흐름과 도구 정의는 CWL 표준에 부합되는 모든 작업 흐름 실행 처리 시스템에서 실행될 수 없다.자세한 내용은 BioContainers를 참조하십시오.별편 보도