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GEO 의 데이터를 사용해, 특정 조건에서의 특정 유전자의 발현량을 구하는 방법을 몇명에게 물었으므로, 수요가 있는 것일까? 라고 생각해, 써 둔다.

DataSets 사용하기

DataSets는 NCBI에 의해 curation된 GEO 데이터를 말한다고 한다.
h tp // w w. 음. nlm. 에 h. v / 게오 / 을 열면 먼저 DataSets를 클릭하십시오.


그러면 등록되어 있는 DataSets의 리스트 화면이 된다. 여기서 자신이 원하는 조건으로 검색한다.

우선, Triple Negative Breast Cancer에서 검색해 보면, 2건 히트했다.

이 중 GDS4069을 보려면 Data Analysis Tools를 클릭하십시오.


여기서 유전자의 발현량을 검색할 수 있으므로, 시험에 ESR1을 검색해 본다.



2건 히트한 것 같다.

1번째 쪽의, 차트의 그림을 클릭한다.


그러자, triple negative에서는 거의 발현하고 있지 않지만, non-triple negative의 일부에서는 고발현이었다는 것을 알 수 있었다.



실로 간단하다. 너무 쉽습니다. 만약, 자신이 생각하고 있는 실험 조건에 가까운 것이 DataSets로서 등록되어 있으면, 실험을 할 필요는 없을지도 모른다. 사전 검토를 줄일 수 있습니다.

라고 하는 상태에, 연구실에서 「조금 PC에 자세한 사람」 정도의 BioInformatician은 실업의 위기이다.