Julia에서 유동 세포 계측 파일 (fcs)을 터치했습니다.

만져 본 시스템의 기사입니다.
요 전날 우연히 유동 세포 계측 파일 (fcs)을 만날 기회가있었습니다.

이것을 Julia 언어의 FCSFiles라는 라이브러리에서 열려고 생각했기 때문에 일단 기록.

FCSFiles

Add FileIO.jl integration for FCS files
htps : // 기주 b. 이 m / tl gy / FCS Fu s. jl

플로우 사이토메트리란?

htps // 엔.ぃきぺぢ아. rg/우우키/Fぉw_cy토메트리#/메아아/후우:Cy로 하여 r. svg

세포의 액체를 가늘게 흘려 개별 입자를 광학적으로 분석하는 측정 방법이라고 합니다.
레이저 빛을 비추고,

FSC (Forward Scatter) 전방 산란

SCC (Side Scatter) 측방 산란

이나 레이저광에 의해 생긴 형광을 검출하는 형광 검출기가 붙어 있다고 합니다.

Wikipedia: 유동세포계측법

Julia란?

코드를 사전 컴파일하여 스크립팅 언어이면서 C 언어와 같은 속도를 실현하는 새로운 언어입니다. (다만, 작업중에 프리컴파일이 들어 버리는 경우가 많아, 체감적으로는 그만큼의 속도를 느끼지 않습니다.)

Flow Cytometry Standard (FCS) files

영어 버전 Wikipedia 설명을 참조하세요. 텍스트가 아닌 바이너리같기 때문에, 비엔지니어세는 스스로 괴롭히려고 하지 않고, 라이브러리를 사용하는 것이 무난하다고 합니다.

사용해보기

Readme와 같습니다.
htps : // f ぉ w 레포시와 ry. 오 rg / d / FR - FCM - z4
에 플로우 사이토메트리의 테스트용 파일이 놓여져 있으므로 적당히 다운로드합니다.

wget https://flowrepository.org/experiments/4/fcs_files/315/download

로딩

using FileIO
flowrun = load("378103.fcs")

FCSFiles.FlowSample{Float32}
Begin Time: 17:46:30
End Time: 17:47:10
Date: 26-JUN-2019
파일: 378103.fcs
Axes:
시간
FSC-A
FSC-H
FSC-W
SSC-A
SSC-H
SSC-W
FITC-A (FITC-A)
PE-A
APC-A
PerCP-Cy5-5-A

그래프 생성은 Gadfly.jl을 사용합니다.

using Gadfly
plot(x=flowrun["FSC-A"], y=flowrun["SSC-A"], Geom.histogram2d,
Guide.xlabel("FSC-A"), Guide.ylabel("SSC-A"), Coord.cartesian(xmin=0, ymin=0))

이렇게 쓰면

plot(x=flowrun["FSC-A"], y=flowrun["SSC-A"], Geom.density2d,
Guide.xlabel("FSC-A"), Guide.ylabel("SSC-A"), Coord.cartesian(xmin=0, ymin=0))

이렇게 됩니다.



이렇게 쓰면

plot(x=flowrun["FSC-A"], y=flowrun["SSC-A"], Geom.histogram2d, Scale.x_asinh, Scale.y_asinh,
Guide.xlabel("FSC-A"), Guide.ylabel("SSC-A"), Coord.cartesian(xmin=0, ymin=0))

이렇게 됩니다.



Julia 언어는 Makie 등 재미있는 시각화 라이브러리가 많네요.

어쩐지 말로 표현하기 힘들지만, Julia 언어는 지구상에서 가장 재능 있는 젊은이들이 모여 있어 사람들의 활발한 재기의 칭찬을 느낄 수 있는 그런 분위기가 있습니다. 물론 그것은 오만하고 환상일지도 모릅니다만. 그런 의미에서 재미있는 언어구나~라고 생각했습니다.