📊 염증성 장 질환의 GWAS 맨해튼 플롯을 qqman과 CMplot으로 그려보세요

초보자에 의해 해본 계의 기사입니다.

IBD(염증성 장질환 크론병·궤양성 대장염)의 GWAS 데이터를 사용하여 맨해튼 플롯을 그려봅니다.

고맙게도, International Inflammatory Bowel Disease Genetics Consortium (IIBDGC) 사이트는 GWAS 메타 분석 데이터를 P- 값으로 게시합니다. 이것을 사용합니다.
htps //w w. 이 bd 게네 cs. rg/



다운로드가 완료되면 압축을 풉니다.
R을 Rstuio 등으로 시작하여 탭으로 구분된 파일을 데이터 프레임으로 읽습니다.

ibd   <- read.table("EUR.IBD.gwas_info03_filtered.assoc", header=TRUE)
crohn <- read.table("EUR.CD.gwas_info03_filtered.assoc", header=TRUE)
uc    <- read.table("EUR.UC.gwas_info03_filtered.assoc", header=TRUE)

간단하지만 각 파일은 약 1GB이며 읽기만으로도 시간이 걸립니다.
노트북 PC 등에서 실행하는 경우는 htop 로 메모리 사용량을 감시하는 것이 좋을지도 모릅니다.

qqman

여기에서 사용법이 설명되어 있습니다 (공식)
htps : // c 란. rp 로지ぇct. 오 rg / ぇ b / 빠 c 게 s / q q / ゔ ぃ g는 s / q q. HTML
해석으로 유명한 아멜리예프의 블로그에서도 사용법이 소개되고 있습니다.
h tps : // s fb ㎉ g. 아메 엣 f. jp/엔트리/2018/05/15/173432

library(qqman)
manhattan(ibd,   main = "IBD Manhattan Plot", cex = 0.3, col = c("blue4", "orange3"))
manhattan(crohn, main = "CD Manhattan Plot", cex = 0.3, col = c("blue4", "orange3"))
manhattan(uc,    main = "UC Manhattan Plot", cex = 0.3, col = c("blue4", "orange3"))

디폴트에서는, 조금 닷의 사이즈가 커지므로, cex=0.3 (을)를 지정해 작게 해 보았습니다. 색상은 튜토리얼을 따라 블루와 오렌지 얼룩말했다.





(한 그래프의 묘사에 30분 정도 시간이 걸립니다)

<불평형 이야기>

QQ 플롯 도 그려 봅시다.

qq(ibd$P, main = "IBD")
qq(crohn$P, main = "CD")
qq(uc$P, main = "UC")

CMplot

htps : // 기주 b. 코 m/Y인ぃぃ/R-CMpぉt
CM 플롯은 분명히 데이터 프레임의 열을 미리 정해진 순서대로 인식하고 있기 때문에 순서대로 정렬합니다. 옵션을 붙이지 않고 실행하면 이런 느낌이군요.

library(CMplot)
ibd2   <-    ibd[,c("SNP", "CHR", "BP", "P")]
CMplot(ibd2)

IBD

Crohn

우 C

이 기사는 이상이지만 IBD 데이터 시리즈는 좀 더 계속 될 예정입니다.