DNA 분석 2 - 서열 획득 memo
2043 단어 bioinformatics
흐름
Short Read Array 배열 취득 ⇨ Quality 체크 ⇨ 트리밍
SRA
검색
SRA 파일 가져오기
> prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt --max-size 100GB
$HOME/ncbi/public/sra/에 저장됩니다.
Fastq 형식으로 변환
> fastq-dump --split-files ~/ncbi/public/sra/*.sra
품질 검사 - FastQC
> fastqc SRR8512918.fastq
> open -a Safari SRR8512918_fastqc.html
항목 : h tp // w w. 비오인후 ぉr마을 cs. 바 b 등은 m. 아 c. 우 k / p 로지 cts / 후 stqc / 에 lp / 3 % 20 아나 ly s % 20도 s /
트리밍
선두와 말미로부터, 퀄리티치가 30 미만의 염기를 제거한다.
설치 : h tps : // 비. 비파 pyu s. jp / r 나사 q / qc / t 리모 거리 c. HTML
> java -jar trimmomatic-0.33.jar PE -phred33 in1.fq in2.fq out1_paired.fq out1_unpaired.fq out2_paired.fq out2_unpaired.fq LEADING:30 TRAILING:30
Reference
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