QIIME2의 메타데이터에 Alpha 다양성을 추가하여 해석을 편하게 한다

소개

QIIME2에서는 데이터가 qza에 저장되어 qzv로 변환하여 시각화 할 수 있습니다.
qza에서 qzv로 하면, QIIME2 보기 내에서 가시화할 수 있어, 인터랙티브하게 도표를 확인하거나 할 수 있다.

하지만, QIIME2의 디폴트의 그래프는 까다롭고, 결국 모두 「Download raw data as TSV」라든지로 출력해, R의 ggplot 라든지 Python의 matplotlib 에 데이터를 다시 넣어, 도표나 통계 해석을 재차 하고 있다 같은 생각이 든다.

그래서 다양성 지수 1개 1개의 qza 파일을 qzv 파일로 변환하는 것과 QIIME2 View에 각각 던지는 것도 귀찮아서 그 수고를 생략하고 싶다.
QIIME2 공식 문서에 있었다.

메타데이터에 Alpha 다양성 추가

다양성 해석이 조금 편해지기 위해서도, Alpha 다양성 지수 같은 1 샘플마다 1 개의 값으로 정해져 있는 카테고리는, 메타데이터에 결합하는 편이 좋다.

이것은, R이라고 Metadata in QIIME 2 패키지를 이용해 할 수 있지만, 모처럼이면 전부 QIIME2내에서 작성하고 싶다고 생각하고 있었는데, 이하의 커멘드를 실행하면 alpha 다양성 지수를 메타데이터에 결합할 수 있었다.

qiime metadata tabulate \
--m-input-file metadata.tsv \
--m-input-file faith_pd_vector.qza \
--m-input-file shannon_vector.qza \
--m-input-file observed_features_vector.qza \
--m-input-file evenness_vector.qza \
--o-visualization metadata-combined-adiv.qzv

덧붙여서, qiime2r 에 준거해 해석하고 있으면(자), core-metrics-results 라고 하는 디렉토리에, 다양성 해석에 관련되는 각종 .qza 파일이 포함되고 있다. 이번 기사 내에서 다루고 있는 데이터도 "Moving Pictures"tutorial에서 가져왔다.

시각화하고 확인해 봅니다.

“Moving Pictures” tutorial 에 metadata-combined-adiv.qzv 를 로드합니다.
적선으로 둘러싸인 범위에 열에 각종 Alpha 다양성 지수가 추가되어 있다.

QIIME2 보기

여기서, 설마의 수동 작업이 들어가 버리지만, QIIME2 view의 화면 좌상의 「Download metadata TSV file」로 출력한다.

그리고는 metadata.tsv 를, Python나 R로 이제 끓여져 구워져, 좋아하게 해 줘! !