QIIME2 QIIME2의 메타데이터에 Alpha 다양성을 추가하여 해석을 편하게 한다 QIIME2에서는 데이터가 qza에 저장되어 qzv로 변환하여 시각화 할 수 있습니다. qza에서 qzv로 하면, 내에서 가시화할 수 있어, 인터랙티브하게 도표를 확인하거나 할 수 있다. 하지만, QIIME2의 디폴트의 그래프는 까다롭고, 결국 모두 「Download raw data as TSV」라든지로 출력해, R의 ggplot 라든지 Python의 matplotlib 에 데이터를 다시 넣... ShellScriptMicrobiomeQIIME2메타다 갤럭시 모바일 QIIME2로 갤럭시에서 QIIME2 사용 갤럭시에서 QIIME2를 실행하려면 QIIME2 모듈 을 활용한다. QIIME2 conda activate 환경에서는 모바일 갤럭시 명령선 유틸리티 로 q2galaxy를 설치할 수 있지만 문제가 있어 이번에 Docker를 사용해 설치했다. 다음 순서에 따라 진행한다. 1. Docker 설치 2. q2galaxy의 Docker 이미지 가져오기 3. 갤럭시에서 QII... QIIME2Galaxy
QIIME2의 메타데이터에 Alpha 다양성을 추가하여 해석을 편하게 한다 QIIME2에서는 데이터가 qza에 저장되어 qzv로 변환하여 시각화 할 수 있습니다. qza에서 qzv로 하면, 내에서 가시화할 수 있어, 인터랙티브하게 도표를 확인하거나 할 수 있다. 하지만, QIIME2의 디폴트의 그래프는 까다롭고, 결국 모두 「Download raw data as TSV」라든지로 출력해, R의 ggplot 라든지 Python의 matplotlib 에 데이터를 다시 넣... ShellScriptMicrobiomeQIIME2메타다 갤럭시 모바일 QIIME2로 갤럭시에서 QIIME2 사용 갤럭시에서 QIIME2를 실행하려면 QIIME2 모듈 을 활용한다. QIIME2 conda activate 환경에서는 모바일 갤럭시 명령선 유틸리티 로 q2galaxy를 설치할 수 있지만 문제가 있어 이번에 Docker를 사용해 설치했다. 다음 순서에 따라 진행한다. 1. Docker 설치 2. q2galaxy의 Docker 이미지 가져오기 3. 갤럭시에서 QII... QIIME2Galaxy