Qiita는 Omix 데이터를 분석, 관리할 수 있는 플랫폼

저번 Qita에 대한 설명과 이용 등록을 하고 샘플 정보를 추가했다.
이번에는 실제 16S 증폭기 리모컨 배열 데이터를 업로드해 미리 처리한다.

원본 데이터 추가(fastq 파일)

샘플 정보와 데이터를 연결시키기 위해서는 prep information(prep information)이라는 사용자와 서열 발생기의 종류에 대한 기술 정보를 추가로 기재해야 한다.
prep informationQiita 문서에 대한 상세한 기록이 있습니다.
Upload Filesprep_information_16S.txt에 업로드합니다.
그런 다음 Add New Preptation에서 Select file:prep_information_16S.txt, Select data type:에서 16S를 선택합니다.

동시에 이 시기에 16S/의 fastq에 들어갑니다.gz 파일도 모두 Upad Files에 업로드합니다.
16S가 Data Type에 추가되었으므로 여기를 클릭하십시오.
그런 다음 Select type: 에서 per sample FASTQ 를 선택합니다.

Adda name of the file: 에 이름을 입력하고 Add files 를 클릭하여 fastq 파일 그룹에 이름을 지정합니다.
이렇게 하면 파일 처리 과정의 네트워크가 나타날 것이다.

데이터 처리

라이브러리 분할

per sample FASTQ 객체를 클릭합니다.
이렇게 되면 "Choose command:"이 나오므로 다음과 같은 "Split libraries FASTQ"를 선택합니다.
"Parameter set:"에서 "Per-sample FASTQs;phred offset33"을 선택하면 자세한 매개 변수 선택이 나타납니다.

매개변수를 확인한 후 "Add Command"를 클릭합니다.
이렇게 되면 파일 네트워크는 이렇게 업데이트될 것이다.
Start workflow:에서 Run을 누르면 실행되지만 아직 누르지 않습니다.
다른 프리 프로세싱 프로그램까지 더해서 마지막으로 "Run"을 같이 하자.

deblur를 통한 오류 수정

delur는qime2 등에서도 사용되는 서열 배열 오류를 수정하는 도구로 품질 점수에 따라 필터할 수 있습니다.
이번에는Single-end의fastq파일을 처리할 때deblur이지만,Paired-end의fastq파일을 처리할 때DADA2 등을 사용합니다.
먼저 "Choose command:"에서 "Trimming"을 선택하여 배열을 같은 길이로 설정하면 deblur가 더욱 쉽게 역할을 발휘할 수 있습니다.
Although you can deblur the demultiplexed sequences directly, deblur works best when all the sequences are the same length.
Qiita-GNPS-workshop The deblur workflow
이번에는 V4로 배열하고 100bp로 잘라주세요.
매개 변수를 확인한 후 Add Command 를 클릭합니다.

파일 네트워크가 또 업데이트되었다.

그런 다음 Trimmed Demultiplexed 를 클릭하고 Choose command: 에서 Deblur 를 선택합니다.
작은 옵션을 결정하는 것은 "Add Command"입니다.

파일 네트워크가 또 업데이트되었다.
마지막으로 제작된 파일 네트워크는 다음과 같다.
"Run"을 클릭하여 제작된 작업 절차를 이동합니다.

안녕히 계십시오.

이번에는 Qita에fastq 파일을 추가하고 다양한 처리 명령을 추가하여 파일 네트워크를 구축했다.
파일 네트워크의 주황색 동그라미 처리
- Split libraries FASTQ
- Trimming
- Deblur
이것은 세 개의 공사다.
다음에 우리는 실제 처리된 문서를 분석할 것이다.