Qiita는 Omix 데이터를 분석, 관리할 수 있는 플랫폼

Qiita (canonically pronounced cheetah) is a software package intended for analysis and administration of multi-omics datasets.
Qiita는 소스 오픈 마이크로옴을 위주로 하는 오믹스 데이터를 분석하고 관리할 수 있는 플랫폼이다.
2018년 QIIME를 개발한 롭 나이트 등 팀이 네이처 메트로즈 저널에 논문을 발표했다.
그나저나 독법은'사냥꾼(cheetah)'인 것 같다.
Qita는 데이터베이스와 컴퓨팅 자원을 제공하기 때문에 기기 출력 등 하드웨어 제한, 지령선 지식 등 소프트웨어 제한으로 인한 부담을 줄일 수 있다.
또 미생물학 연구에서 다양한 실험 방법과 분석 파이프라인을 사용했기 때문에 재현성을 보장하기 어려웠지만, 큐타에서는 여러 연구 데이터를 통합해 재해석함으로써 재현성이 일치하는 특징을 도출할 수 있었다.
Qita는 사용자에게 다음과 같은 무료 오픈 플랫폼을 제공한다.

실험 형식으로 기존 데이터 집합을 간단하게 공유하고 다시 사용

공개 데이터와 미공개 데이터를 사용하여 여러 연구와 데이터 집합을 통해 분석

간단한 인터페이스를 통해 EBI에 데이터를 자동으로 저장

이용 등록

먼저 해.
원하는 정보를 입력하고 "Create User"를 클릭합니다.
계정 만들기
메일이 오기 때문에 메일의 링크를 건너뛰고 계정을 활성화합니다.

샘플 데이터를 얻다

이번에는 의 데이터를 사용하여 진행할 것이다.
Dropbox 링크에서 파일과 함께 CMI Qiita/GNPS workshop 하십시오.

Study 생성

홈 화면의 Study 에서 Create Study 를 선택합니다.
Principal Investighator는 기존 PI 리스트에서 선택되지만, 대다수 경우 리스트에 없으므로 Adda person에 추가됩니다.
다운로드
Study 생성에 필요한 정보는 다음과 같습니다.

Study Title: 실험 이름

Study Alias: 실험 별명

Study Abstract: 실험 요점

Study Description: 실험에 대한 간단한 설명

Principal Investighator: 실험실 진행자 이름

샘플 정보 추가

샘플 정보는 16S, 메타데이터 그룹 등 생물학 샘플과 관련된 메타데이터 데이터 집합으로 미시적 연구에서 이 메타데이터는 매우 중요하다.
일관성이 있고 정확하며 상세하게 기재하여 마이크로옴 분석의 결과를 크게 좌우해야 한다.
이번에는 샘플 데이터를 사용하고 자신이 준비한 데이터를 사용할 때 충분히 주의하여 만들어 주십시오.
View Studies 에서 방금 만든 Study 를 선택하십시오.
이 화면은 Study 관리를 할 수 있습니다.
"Upload Files"를 클릭하여 방금 다운로드한 디렉터리sample_information.txt를 업로드합니다.
종료 후 이전 화면으로 돌아갑니다.

방금 Upload Files에서 Sample Information을 클릭합니다.
따라서 Select sample information file: 에서 현재 업로드된 sample_information.txt를 선택합니다.

"Sample Information"을 클릭하면 업로드된 메타데이터 항목을 확인할 수 있습니다.

다음에 16S 증폭기의 원격 조종 배열 데이터를 분석하겠습니다.

참고 문헌

논문
CMI Qiita/GNPS workshop

공식 문서
Qiita: rapid, web-enabled microbiome meta-analysis