2. CWL을 cromwell로 실행해 보기
cwlcromwell을 만드는 그림을 실행할 수 있습니다
환경 Docker image 만들기
cwl용 실행 가능한 docker image Docker file 만들기
DockerfileFrom ubuntu
MAINTAINER Percipere
RUN apt-get update
RUN apt -y upgrade
RUN apt-get -y install openjdk-8-jre
RUN apt-get -y install curl
RUN apt-get -y install python3
RUN apt-get -y install python3-pip
RUN apt-get -y install git
RUN git clone https://github.com/common-workflow-language/cwltool.git
RUN pip3 install ./cwltool
RUN apt-get -y install vim
RUN useradd -ms /bin/bash cromwell
USER cromwell
WORKDIR /home/cromwell
RUN curl -LO https://github.com/broadinstitute/cromwell/releases/download/32/cromwell-32.jar
RUN ln -s ./cromwell-32.jar ./cromwell.jar
CMD /bin/bash
탭 만들기
위의 Docker file을 만든 디렉토리에서 docker build 실행$ docker build -t cromwell .
부팅 컨테이너
만든 그림에 따라crowmell 실행하기$ docker run -it cromwell
다음은 Docker 내부 작업입니다.
cromwell 동작 확인
cromwell@4095de5a46e4:~$ pwd
/home/cromwell
cromwell@4095de5a46e4:~$ java -jar cromwell.jar --version
cromwell 32
1. CWL을 cromwell로 실행해 보기
에 사용되는 cwl 파일, cwl 작업 프로세스 실행
(부분 생략...)cromwell@4095de5a46e4:~$ java -jar cromwell.jar run --type cwl --inputs echo-job.yml 1st-tool.cwl
...
[2018-05-30 08:47:57,44] [info] SingleWorkflowRunnerActor workflow finished with status 'Succeeded'.
{
"outputs": {
},
"id": "00866459-8bbc-454c-9954-fa9f5a6548a6"
}
...
[2018-05-30 08:48:00,61] [info] Shutdown finished.
워크플로우 작업 확인
이번엔 여기까지
Reference
이 문제에 관하여(2. CWL을 cromwell로 실행해 보기), 우리는 이곳에서 더 많은 자료를 발견하고 링크를 클릭하여 보았다
https://qiita.com/percipere/items/c5409183bc7770e5c66e
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우수한 개발자 콘텐츠 발견에 전념
(Collection and Share based on the CC Protocol.)
From ubuntu
MAINTAINER Percipere
RUN apt-get update
RUN apt -y upgrade
RUN apt-get -y install openjdk-8-jre
RUN apt-get -y install curl
RUN apt-get -y install python3
RUN apt-get -y install python3-pip
RUN apt-get -y install git
RUN git clone https://github.com/common-workflow-language/cwltool.git
RUN pip3 install ./cwltool
RUN apt-get -y install vim
RUN useradd -ms /bin/bash cromwell
USER cromwell
WORKDIR /home/cromwell
RUN curl -LO https://github.com/broadinstitute/cromwell/releases/download/32/cromwell-32.jar
RUN ln -s ./cromwell-32.jar ./cromwell.jar
CMD /bin/bash
$ docker build -t cromwell .
$ docker run -it cromwell
cromwell@4095de5a46e4:~$ pwd
/home/cromwell
cromwell@4095de5a46e4:~$ java -jar cromwell.jar --version
cromwell 32
cromwell@4095de5a46e4:~$ java -jar cromwell.jar run --type cwl --inputs echo-job.yml 1st-tool.cwl
...
[2018-05-30 08:47:57,44] [info] SingleWorkflowRunnerActor workflow finished with status 'Succeeded'.
{
"outputs": {
},
"id": "00866459-8bbc-454c-9954-fa9f5a6548a6"
}
...
[2018-05-30 08:48:00,61] [info] Shutdown finished.
Reference
이 문제에 관하여(2. CWL을 cromwell로 실행해 보기), 우리는 이곳에서 더 많은 자료를 발견하고 링크를 클릭하여 보았다 https://qiita.com/percipere/items/c5409183bc7770e5c66e텍스트를 자유롭게 공유하거나 복사할 수 있습니다.하지만 이 문서의 URL은 참조 URL로 남겨 두십시오.
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