2. CWL을 cromwell로 실행해 보기

3244 단어 cromwellcwl

cwlcromwell을 만드는 그림을 실행할 수 있습니다


환경 Docker image 만들기
cwl용 실행 가능한 docker image Docker file 만들기
Dockerfile
From ubuntu
MAINTAINER Percipere
RUN apt-get update
RUN apt -y upgrade
RUN apt-get -y install openjdk-8-jre
RUN apt-get -y install curl
RUN apt-get -y install python3
RUN apt-get -y install python3-pip
RUN apt-get -y install git
RUN git clone https://github.com/common-workflow-language/cwltool.git
RUN pip3 install ./cwltool 
RUN apt-get -y install vim

RUN useradd -ms /bin/bash cromwell
USER cromwell
WORKDIR /home/cromwell

RUN curl -LO https://github.com/broadinstitute/cromwell/releases/download/32/cromwell-32.jar
RUN ln -s ./cromwell-32.jar ./cromwell.jar

CMD /bin/bash

탭 만들기


위의 Docker file을 만든 디렉토리에서 docker build 실행
$ docker build -t cromwell .

부팅 컨테이너


만든 그림에 따라crowmell 실행하기
$ docker run -it cromwell
다음은 Docker 내부 작업입니다.

cromwell 동작 확인

cromwell@4095de5a46e4:~$ pwd
/home/cromwell
cromwell@4095de5a46e4:~$ java -jar cromwell.jar --version
cromwell 32
1. CWL을 cromwell로 실행해 보기
에 사용되는 cwl 파일, cwl 작업 프로세스 실행
(부분 생략...)
cromwell@4095de5a46e4:~$ java -jar cromwell.jar run --type cwl --inputs echo-job.yml 1st-tool.cwl 
...
[2018-05-30 08:47:57,44] [info] SingleWorkflowRunnerActor workflow finished with status 'Succeeded'.
{
  "outputs": {

  },
  "id": "00866459-8bbc-454c-9954-fa9f5a6548a6"
}
...
[2018-05-30 08:48:00,61] [info] Shutdown finished.
워크플로우 작업 확인
이번엔 여기까지

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