샘플 데이터를 사용해보기

게놈 데이터 등을 두는 곳을 만들어 둔다.

사용자가 직접 다시 넣는 것도 생각하고 Desktop에 넣습니다.

mkdir.sh

cd ~
mkdir $WEBAPOLLO_DATA_DIR
mkdir $JBROWSE_DATA_DIR
mkdir temp

샘플 데이터 다운로드

db_postgres.sh

wget http://icebox.lbl.gov/webapollo/data/pyu_data.tgz
tar xvzf pyu_data.tgz

fasta 파일 변환

webapollo로 읽을 수 있는 형태로 형식을 변환해 $JBROWSE_DATA_DIR 디렉토리에 넣을 수 있다.

ref_fa_read.sh

cd ~/Apollo-2.0.6
bin/prepare-refseqs.pl --fasta $HOME/pyu_data/scf1117875582023.fa --out $JBROWSE_DATA_DIR/test

blat에서 사용하기 위해 fasta 파일 자체도 $JBROWSE_DATA_DIR에 넣어 둔다
cp $HOME/pyu_data/scf1117875582023.fa $JBROWSE_DATA_DIR/test

webapollo 측 설정

webapollo에 액세스하여 $JBROWSE_DATA_DIR/test를 배열 정보의 위치로 설정합니다.

http://localhost:8080/apollo/
에 다시 액세스하여 방금 전의 Admin 사용자로 로그인합니다.

오른쪽 창이 Organism 탭을 클릭하십시오.
하단의 Details 화면에서 Add New Organism를 클릭합니다.

각 항목을 입력하고 Directory 필드에 이전 $JBROWSE_DATA_DIR/test를 지정하십시오.

GFF 추가 다음과 같이 GFF를 도입한다. ref_fa_read.sh bin/flatfile-to-json.pl \ --gff $HOME/pyu_data/scf1117875582023.gff --type mRNA \ --trackLabel MAKER --out $JBROWSE_DATA_DIR/test 유전자명 등으로 검색할 수 있도록 한다 작성한 데이터 디렉토리에 들어가 다음과 같이 하면 index가 작성되어 검색창에서 유전자명을 검색할 수 있게 된다 ~/Apollo-2.0.6/bin/generate-names.pl --verbose BAM 추가 $JBROWSE_DATA_DIR/test에 bam 디렉토리를 만들고 바닥에 bam 데이터를 인덱스와 함께 이동시킨다. mkdir $JBROWSE_DATA_DIR/test/bam cp $HOME/pyu_data/simulated-sorted.bam $JBROWSE_DATA_DIR/test/bam cp $HOME/pyu_data/simulated-sorted.bam.bai $JBROWSE_DATA_DIR/test/bam $JBROWSE_DATA_DIR/test/에서 본 경우 bam 위치의 상대 경로를 --bam_url로 지정합니다. --label로 webapollo에 표시되는 이름 지정 --key로 유일하게 데이터를 구별하는 이름을 넣는다 -i로 trackList.json 지정 bam_read.sh bin/add-bam-track.pl --bam_url bam/simulated-sorted.bam\ --label simulated_bam --key "simulated BAM" -i $JBROWSE_DATA_DIR/test/trackList.json bigwig 추가 bam처럼 로드 bam_read.sh mkdir $JBROWSE_DATA_DIR/test/bigwig cp ~/pyu_data/*.bw $JBROWSE_DATA_DIR/test/bigwig bin/add-bw-track.pl --bw_url bigwig/simulated-sorted.coverage.bw\ --label simulated_bw --key "simulated BigWig" -i $JBROWSE_DATA_DIR/test/trackList.json webapollo에서의 견해 오른쪽 창의 Tracks 탭을 열면, 도입한 gff, bam, bigwig의 체크 박스가 있으므로 그것을 체크하면 왼쪽의 맵상에 표시된다