schex 패키지를 사용해 보았습니다.

자신이 만들고 있는 R/Bioconductor 패키지 scTensor 에서는, 1 세포 RNA-Seq 데이터 내에 포함되는 리간드·수용체의 유전자 발현을 각각, 적·청색으로 플롯하고 있다.





이와 같이 세포 1개 1개를 플롯 하는 경우에 문제가 되는 것은, 점이 겹치면서, 뒤쪽에 숨어 버려 보이지 않게 되는 세포가 나와 버리는 것이다(htps : // 기주 b. 코 m / s s 기아 F 레 y g / s 치 x ).

BioC3.10에서 출시된 schex 패키지는 이러한 문제를 해결하기 위해 만들어진 것으로, 2차원 플롯을 육각형 빈으로 구분하여 그 빈마다 평균을 취한다.

이 패키지에 의해, 이하와 같이 리간드의 발현량도 플롯할 수 있었다.

덧붙여 디폴트 색이 viridis로, 이것을 변경하는데 고생했지만, 경고 메세지는 나오지만, 색을 바꿀 수는 있었다 (참고: htps : // 기주 b. 코 m / 사 s 키아 F 레 y g / s 치 x / 이스에 s / 5 ).

# Package loading
library("scTensor")
library("schex")
library("SingleCellExperiment")

# Data loading
data("GermMale")
data("tsneGermMale")

# SingleCellExperiment Object
sce <- SingleCellExperiment(assays = list(counts = GermMale))
reducedDims(sce) <- list(tSNE=tsneGermMale$Y)
logcounts(sce) <- log10(GermMale + 1)

# Setting Hex bin
sce <- make_hexbin(sce, nbins = 40, dimension_reduction = "tSNE")

# Plot
gene_id <-"6387"
gene_name <- "CXCL12"
g <- schex::plot_hexbin_gene(sce, type="logcounts", gene=gene_id,
    action="mean", xlab="tSNE1", ylab="tSNE2", 
    title=paste0("Mean of ", gene_name))
g <- g + scale_fill_gradient(low = 'gray', high = 'red')
plot(g)

nbin에서 빈의 수도 바꿀 수 있으므로, 10^5 - 10^6 세포 정도의 담긴 플롯을 그리는 경우는, 좀 더 세세하게 단락해도 좋을지도 모른다.

다음 scTensor 버전 업으로 빠르게 schex 기반으로 전환할 예정.