schex 패키지를 사용해 보았습니다.

자신이 만들고 있는 R/Bioconductor 패키지 에서는, 1 세포 RNA-Seq 데이터 내에 포함되는 리간드·수용체의 유전자 발현을 각각, 적·청색으로 플롯하고 있다. 이와 같이 세포 1개 1개를 플롯 하는 경우에 문제가 되는 것은, 점이 겹치면서, 뒤쪽에 숨어 버려 보이지 않게 되는 세포가 나와 버리는 것이다( ). BioC3.10에서 출시된 패키지는 이러한 문제를 해결하기 위해 만들...

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📊 maftools에서 oncoplot을 만들어 보았습니다.

작은 재료입니다. 출력하지 않으면 아무것도 기억하지 않으므로 씁니다. R 초보자 때문에 낮은 퀄리티입니다. TCGA의 논문이라든지 나오는, 암의 게놈 변이의 일람 같은 그림을 OncoPlot이라고 한다고 합니다. 이것을 만들어주는 R 패키지가 maftools입니다. bioconductor에서 설치합니다. maftools에는 maf 파일이 필요합니다. VCF 파일에서 이라는 사용하기 어려운 도...

RbioinformaticsmaftoolsBioconductor

Docker containers for Bioconductor를 만져 보았습니다.

R로 패키지 개발을 하는 경우, 다른 패키지와의 의존관계의 문제로부터, 나 를 인스톨 할 필요가 있다. , 와 같은 패키지는, 꽤 패키지가 의존하고 있는 것에 비해서는 , 인스톨 하는데 요령이 있다. 패키지 개발자가 되면, 대략 한번 만들면 끝이라는 것은 없고, 오랫동안 번거로움을 볼 필요가 있다. 왜냐하면, 지금까지 움직이고 있던 패키지가, 다른 의존 패키지의 사양 변경으로부터, 어느 날 ...

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Bioconductor의 AnnotationDbi 패키지 콘텐츠의 sqlite 데이터베이스 추출을 루비 등 다른 언어로 활용 고려

생명과학의 컴퓨터 분석에서 R 언어는 광범위하게 사용된다.Bioconductor 프로젝트는 고품질의 포장군을 지원하고 있다.Bioconductor에서 기본적인 데이터 구조는 공통된 것을 이용하여 일치된 시스템을 구축했다.예를 들어 유전자 그룹 범위를 처리하는 소프트웨어 패키지 중바이오conductor가 가장 자주 사용하는 소프트웨어 패키지 중 하나이다.그러나 다른 언어로 생물 정보를 진행하려...

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