개시하다

상술한 문제를 실현하기 위해 나는 Cyclos라는 프로그램 라이브러리를 찾았기 때문에 이번에 한번 시도해 보았다.

컨디션

Python3.x

RDKit 2020.X

CycloPs

Cyclos 소개

아미노산 배열에서 환상펩티드 가상 라이브러리를 생성하는 도구다.
1차원 아미노산의 배열을 통해 잔기를 결합시켜 고리 모양의 펩티드를 생성한다.
GUI와 명령줄 모두 사용할 수 있습니다.
상세한 상황은 참고 문헌의 논문을 참조하시오.
잔기와 결합하는 모델은 다음과 같은 5가지가 있다.누구나 꼼꼼한 조건이 있으니 논문을 꼼꼼히 봐주시기 바랍니다.

head-to-tail bond
아미노산 진열의 C단과 N단을 결합시키다

disulfide bond
방광암모니아산 잔기를 결합하다

side-chain to side-chain bond
쇠사슬을 접합하다

side-chain to N-terminal bond
사이드체인과 N단을 결합하다.

side-chain to C-terminal bond
사이드체인과 C단을 결합하다.

Cyclos 설치

파이썬 2 시스템으로 개발됐으나 RDkit이 자체 환경에서 제대로 작동하지 않아 3개 시스템에 도입됐다.

　$ conda create -n cyclops python==3.6
　$ conda activate cyclops
　$ conda install -c rdkit rdkit
  $ git clone https://github.com/fergaljd/cyclops.git

설치 후 작업

Cyclops는 Python 3 시스템에서 작동하지 않으므로 소스 파일을 수정해야 합니다.이번에는 지령선만 사용하면 된다.
그리하여Python 3도 다음과 같이 수정할 수 있습니다.

컨텐트 수정

4

print(a, b)처럼 print(a, b)와 같은 기록을 수정한다

4

Excepta, b 등의 기재를 Excepta asb로 수정했다

4 줄마다 오류가 발생하므로 다음과 같이 수정합니다.

            # print(out,mollstr)
            # print(out, '$$$$')
            out.write(molstr)
            out.write('$$$$')
            out.write('\n')

4

기타 실행 중 오류가 발생한 부분은 파이썬 3으로 동작(품앗이)으로 수정한다

실행 예

4CPPsite 2.0에 등록된 환상펩티드의 아미노산 진열과 출력SDF를 지정하고 집행한다.
그런 다음 SDF는 5가지 패턴으로 생성된 루프 펩티드의 목록을 출력합니다.
다음은 실행 예입니다.

python PepLibGen/StructGen/StructGen.py CSKSSDYQC hoge.sdf

실행 결과 예

CSKSSDYQC를 지정하여 얻을 수 있는 여섯 가지 구조는 다음과 같습니다.

첫째

선형 유형입니다.고리 모양이 아닌 것도 출력의 규격이 있다.

둘째

이게 N단과 C단이 연결된 건가요?

셋째

이게 끝이랑 사이드체인이야?

넷째

옆 자물쇠야?

다섯째

이게 사이드체인인가요?

여섯째

이것은 방광암모니아산 잔기 간의 결합이죠.

참고 자료

CycloPs: generating virtual libraries of cyclized and constrained peptides including nonnatural amino acids

CycloPs: A Cyclic Peptide Library Generator

CPPsite 2.0