옛날(언제일까)은 자력으로 PyMOL를 소스로부터 빌드하려고 하면 의존성 지옥에 빠지거나 해서 힘들었던 생각이 들지만, 오랜만에 해 보면 간단했기 때문에 그 작업 메모. (필자의 첫 Qiita 기사)

전반부는 PyMOL 빌드 이야기이지만, 후반부는 단순히 NVIDIA 비디오 카드가 Linux 환경에서 제대로 구동되지 않는다는 문제 해결이며, 특히 PyMOL에만 국한된 이야기가 아니라 일반적으로 Linux에 NVIDIA 드라이버를 넣을 때 필요한 작업 .

대상 환경

CentOS. 한때 EPEL에 PyMOL이 있고 yum으로 넣어졌을 때도 있었습니까? 같지만 지금(본기사 집필시 2015년 12월)은 안 돼서 소스에서 하기로 했다. 낡은 rpm은 찾아내면 구르고 있지만 새로운 것이 보이지 않는다(기분한다).

Fedora 의 경우는 yum install pymol 로 이케하는 모양. 비교적 새로운 버전의 PyMOL rpm도 구르고 있으므로 그것을 사용해도 OK.

뭐 어쨌든, 최신판 PyMOL 를 사용하고 싶으면 자력 빌드.
(단지 분자 뷰어로 사용하는 것은 오래된 버전에서도 특히 어려움이 없다고 생각하지만.)

Ubuntu에서도 apt-get install pymol만으로 들어가는 모양. Mac의 경우도 brew install pymol만으로 들어가는 것 같고, 알파 트위터러 실버 스미스 의 상세한 기사( PyMOL 1.7.6.0+APBS plugin works on Mac Yosemite using Homebrew 이나 PyMOL ver 1.6 설치 for Windows )가 있으므로 그쪽이 추천. 이 기사 (bi.biopapyrus.net: PyMOL 설치)도 간결하고 good.

PyMOL 빌드 작업

이 기사 (PyMOLWiki: Linux Install)에 따릅니다. 간단.

필요한 것을 설치

yum install subversion gcc gcc-c++ kernel-devel python-devel tkinter python-pmw \ 
glew-devel freeglut-devel libpng-devel freetype-devel libxml2-devel

소스를 Subversion에서 다운로드

cd /tmp
svn co svn://svn.code.sf.net/p/pymol/code/trunk/pymol
cd pymol

빌드 설치

prefix=/opt/pymol-svn
modules=$prefix/modules
export CPPFLAGS="-std=c++0x"
python setup.py build install \
    --home=$prefix \
    --install-lib=$modules \
    --install-scripts=$prefix

끝.

이제 시작할 수 있습니다.

/opt/pymol-svn/pymol

링크를 붙이고 싶다면 적절하게

sudo ln -s /opt/pymol-svn/pymol /usr/bin/pymol

이것으로 사용할 수 있습니다.

, , 하지만, 사용할 수는 있지만 전혀 널을 움직여주지 않았다.

이것은 빌드 한 PyMOL 문제가 아니며 Linux에서 비디오 카드가 제대로 구동되지 않았기 때문에,
CUDA라든지 사용하고 싶을 때도 직면하는 문제.

CentOS에 정품 비디오 카드 드라이버 넣기

Nouveau라고 하는 OS 부속의 프리 드라이버를 무효화해, NVIDIA의 정품 드라이버를 넣는다.

확인:누~보~ 들어가 있다

lsmod | grep nouveau

우선 무효화 작업.
여기(Qiita: CentOS 7에 NVIDIA GeForce GTX TITAN X를 도입)에도 기재가 있는 바와 같이,/etc/modprobe.d/modprobe.conf 및 /etc/modprobe.d/nouveau_blacklist.conf

blacklist nouveau

의 일행을 더하면 좋을 것 같아서 해 보았지만, 재기동해도 여전히 nouveau 끊어지지 않았다. 수수께끼.

먼지가 밝지 않았기 때문에 여기
이제 grub 구성 ( /etc/default/grub )을 편집하고 GRUB_CMDLINE_LINUX

rdblacklist=nouveau

이것을 추기.

구성 파일 작성

grub2-mkconfig -o /boot/grub2/grub.cfg

그래서 이것으로 재부팅하면 몹시 nouveau 끊어지고 있다.

그리고는 NVIDIA 드라이버의 설치 ​​작업.

비디오 카드 확인

lspci | grep -i nvidia

NVIDIA 사이트 에서 해당 드라이버 설치 프로그램을 가져옵니다.
나중에 CUI 환경에서 실행하게 되므로, 알기 쉽게/tmp 당에 두어 둔다.

런레벨 변경

init 3

CUI 모드가 됩니다.
root로 로그인하여 다운로드한 드라이버 설치 프로그램을 실행합니다.

설치 프로그램 - 실행

chmod +x <Nvidia file>.run
./<Nvidia file>.run

설치 프로그램의 지시에 따라 설치.

그것이 끝나면,

런레벨 복귀

init 5

이것으로 완료, PyMOL도 널을 움직이게 되었다.