새로운 감염자 수의 로그 plot

로그 plot에서 추이를 보고 싶지만 왠지 별로 보이지 않기 때문에 조금 여가가 있었으므로, 스스로 써 보았다.

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원래 데이터는 (일단 도쿄에서 좋다고 하는 것으로), h tps : // s와 p ゔ d19. 메 t로. 가끔. lg. jp 여기에 있는 것은 알고, 「테이블을 표시」를 선택하면 일일의 신규 감염자수가 제대로 볼 수 있으므로, 이것을 plot 하는 것만.
어쨌든 URL 지정하고 R에서 직접 읽고 싶다고 생각하면 "오픈 데이터를 입수"에서 "탐색"탭에서 다운로드를 선택하면 어떻게 하나씩 정보를 얻을 수 있습니다.

그렇게 하지 않아서…

우선, table() 라든가 하면 히스토그램화할 수 있는 것 같다(돌려온 데이터를 어떻게 가공할 수 있는지는 불명).
표준 plot() 명령에 로그 플롯은 일반적으로 거는.str(dat) 로 열명등을 확인할 수 있고 $列名 로 참조하면 된다.

# CSV読み込み。普通にURLで指定できる
dat <- read.csv('https://stopcovid19.metro.tokyo.lg.jp/data/130001_tokyo_covid19_patients.csv')
# データの確認
str(dat)
# "公表_年月日"列でカウントできる（返ってくるのはなんかのテーブル構造）
dat2 <- table(dat$公表_年月日)
# log plotする。0を含んでいたので範囲指定必要
plot(dat2, log="y", ylim=c(1,1e4))

이런, 원했던 그림을 얻을 수 있었다.



역시 사치하고 있어

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요일의 효과를 지우고 싶고, 우선은 이런 일을 해 보았다

# 年月日と曜日2D hist
dat3 <- table(dat$公表_年月日, dat$曜日)
# hist3Dはplot3Dに含まれているのでパッケージ読み込み
library(plot3D)
# 描画
hist3D(z=dat3, border = "black", phi=10, theta=-30)

이 그림을 얻을 수 있습니다.



plot3D는 ​​처음 install.packages("plot3D")에서 설치해야 할 필요가 있었다 (어디에 설치되는지는 불명).
불행히도 hist3D의 로그 플롯은 불가능합니다.
드디어, 날짜와 요일에 그리드가 잘리고 있기 때문에 bin이 조금 얇다.
그리고 제일의 문제는, 요일이(년월일도지만) 문자열에 지나지 않기 때문에, 문자 코드 순서인가 무언가가 되어 의도한 요일순으로 줄지어 주지 않는다.

> head(dat3)

             火 金 月 水 土 日 木
  2020-01-24  0  1  0  0  0  0  0
  2020-01-25  0  0  0  0  1  0  0
  2020-01-30  0  0  0  0  0  0  1
  2020-02-13  0  0  0  0  0  0  1
  2020-02-14  0  2  0  0  0  0  0
  2020-02-15  0  0  0  0  8  0  0

3

요컨대, 주 번호와 요일 번호를 연월일 캐릭터 라인으로부터 일단 Date 클래스를 경유해 생성해 할 필요가 있어,

dat$n1 <- as.Date(dat$公表_年月日)
dat$n2 <- format(dat$n1, "%U")
dat$n3 <- format(dat$n1, "%w")
dat4 <- table(dat$n2, dat$n3)
hist3D(z=dat4, border = "black", phi=45, theta=25)

라든지 만들면

> tail(dat4)

       0   1   2   3   4   5   6
  27 111 102 106  75 224 243 206
  28 206 119 143 165 286 293 290
  29 188 168 237 238 366 260 295
  30 239 131 266 250 367 463 472
  31 292 258 309 263 360 462 429
  32 331 197 188 222 206 389   0

원하는 데이터는 만들 수있는 것 같습니다.

그러나 hist3D로 로그 플롯 할 수없는 것은 힘들다. 그리고, 각도를 갑자기 해 보면 묘화가 상당히 버그한다.