Primer3의 Tm값 계산을 JavaScript로 구현

Primer3의 Tm값 계산은 oligotm.c라는 프로그램이 담당하고 있습니다.
이번에는 여기를 JavaScript로 이식했습니다.

파일 다운로드는 다음에서 할 수 있습니다.

Download

git clone https://github.com/Kazuki-Nakamae/oligotmJS.git;

사용법은 다음과 같습니다.

example.html

<script src="./oligotm.js"></script>

<script>
    var instance = new oligotm();
    /*
    oligotm(Sequence,
            DNA concentration,
            Concentration of salt,
            Salt concentration (mM),
            Concentration of dNTPs (mM),
            tm_method_type({ breslauer_auto: 0, santalucia_auto: 1 }),
            salt_correction_type({ schildkraut: 0, santalucia: 1, owczarzy: 2 })
    */
    var Tmvalue = instance.oligotm("ATTTGCGCGAATGCAATCGG", 50, 50, 0, 0, 0, 0) // primer3 default setting
    console.log(Tmvalue)
</script>

68.302986

출력값은 실제 Primer3의 출력값과 어긋나지 않는 것을 알 수 있습니다.

실제로 실시한 테스트에서는 기본 파라미터로 1bp-40bp의 범위에서 각각 10만 종류의 배열을 Nodejs상에서 계산해, 그 출력치가 oligo.tm의 출력과 차이가 없는 것을 확인하고 있습니다.
또, 18bp-36bp 의 범위에서 각각 1 배열씩을 실제의 브라우저 (IE11, Edge, Chrome, FireFox, Safari, Opera)로 계산해, 그 값이 Primer3 plus 가 돌려주는 값과 동일한 것을 확인 완료 입니다.

뭔가 의견이나 문의가 있으면 코멘트 해 주시면 다행입니다.