갤럭시 서버(시스템 분석)

시스템 해석('phylognetic andalysis')을 위해 갤럭시 서버를 조사해보자.
아래와 같이 갤럭시 웹 사이트https://galaxyproject.org/use를 방문하고 [All] 탭을 클릭합니다.검색 상자에서 키워드를 검색하면 5개가 표시됩니다.

HyPhy HIV NGS Tools
HIV 어레이 분석 도구
HyPhy - Hypothesis Testing using Phylogenies 어레이 비교 분석 도구 사용

Langille Lab
PICRUSt 서버입니다.표기 유전자(예: 16S rRNA)와 전체 게놈에서 메타 게놈의 기능을 예측합니다.

NGPhylogeny.fr

문서 애니메이션 있음

논문Lemoine et al. Nucleic Acids Res. 2019 Jul 2;47(W1):W260-W265. "NGPhylogeny.fr: new generation phylogenetic services for non-specialists."

비전문가 시스템 분석 웹 서비스 NGPhylogeny.fr-mac로 메시지를 표시하다

Osiris

애니메이션Osiris Multigene Analysis Demo

논문Oakley TH et al. BMC Bioinformatics. 2014 "Osiris: accessible and reproducible phylogenetic and phylogenomic analyses within the Galaxy workflow management system."

PIA
Phylogenetics and gene interaction
PIA(Phylogenetically Informed Annotation)는 프로그램에 맞추어 Blast를 사용하고, RAxML의read placement algorithm를 사용하여 미리 계산된 시스템 트리에 알 수 없는 배열을 넣는다.

설명서(pdf)

애니메이션Getting started with PIA

논문Speiser DI et al. BMC Bioinformatics. 2014 "Using phylogenetically-informed annotation (PIA) to search for light-interacting genes in transcriptomes from non-model organisms."