갤럭시 모바일 QIIME2로

갤럭시에서 QIIME2 사용
갤럭시에서 QIIME2를 실행하려면 QIIME2 모듈q2galaxy을 활용한다.
q2galaxy는 20221.4버전(2021.0706시 최신)에서 공개된 새로운 기능입니다.
자세한 내용은 QIIME 2 2021.4 is now available! 참조.
QIIME2 conda activate 환경에서는 모바일 갤럭시 명령선 유틸리티planemo로 q2galaxy를 설치할 수 있지만 문제가 있어 이번에 Docker를 사용해 설치했다.
다음 순서에 따라 진행한다.
1. Docker 설치
2. q2galaxy의 Docker 이미지 가져오기
3. 갤럭시에서 QIIME2 시작
Docer 설치
설치Ubuntu에 docker 설치를 참조하여 다음 오류가 발생했습니다.

$ sudo apt-get install -y docker-ce
Reading package lists... Done
Building dependency tree       
Reading state information... Done
Package docker-ce is not available, but is referred to by another package.
This may mean that the package is missing, has been obsoleted, or
is only available from another source

E: Package 'docker-ce' has no installation candidate

Docker를 설치한 Ubuntu 서버의 문제로 인해 발생한 오류입니다.
참조Ubuntu 181.10에서 Docker ce 가져오기 다음 명령을 실행하고 해결합니다.

$ sudo add-apt-repository "deb [arch=amd64] https://download.docker.com/linux/ubuntu bionic stable"

$ sudo apt update

$ sudo apt install docker-ce

Q2galaxy의 Docker 이미지 가져오기

$ docker pull quay.io/qiime2/q2galaxy

갤럭시에서 QIIME2 시작
다음 명령을 입력합니다.$HOME/q2galaxy_data/를 용기 아래/export/에 설치한다.-p 8080:80 컨테이너 안의 80호 포트를 호스트의 8080호 포트에서 이용할 수 있도록 한다.
802 1호와 802호 포트도 마찬가지로 FTP와 SFTP 프로토콜을 각각 사용해 데이터를 전송할 수 있다.

$ docker run -d -p 8080:80 -p 8021:21 -p 8022:22 -v $HOME/q2galaxy_data/:/export/ quay.io/qiime2/q2galaxy

명령을 실행한 후 브라우저를 통해 액세스https://hocalhost:8080합니다.

QIIME2의 Plugin을 실행할 수 있습니다.

참고 자료
Docker - q2galaxy
QIIME 2 2021.4 is now available!
April 23, 2021
This is an alpha release of an interface which automatically generates tool descriptions for Galaxy
This means that as plugins are created and evolve, we can automatically generate complete Galaxy tools in a few seconds, rather than developing them by hand as is typically done.
This interface is tested with a new plugin named q2-mystery-stew 6, which produces 553 integration tests.

Docker의 Volume을 잘 몰라서 찾아봤어요.

July 25, 2020

용기에서 발생하는 데이터는 같은 용기 안의 어딘가에 쓰이지만 용기를 버리면 사라집니다.데이터만 컨테이너가 사라져도 저장하고, 다른 컨테이너에서 사용하려면 Docker가 컨테이너 밖에서 데이터 저장 영역을 만드는 기능을 제공합니다.br/>
- 음량

Docker의 관리 하에 저장 영역을 저장합니다.Linux의 경우/var/lib/docker/volume/이하br/>
명명된 볼륨과 익명 볼륨이 있으며 명명된 경우 Docker 호스트에서 이름을 해결할 수 있어 쉽게 접근할 수 있습니다.익명 볼륨에 해시 값을 적당히 분배하다br/>
다른 프로그램의 영향을 받지 않기 때문에 안전하다.기본적으로 이걸로 하는 게 좋을 것 같아요.p>