갤럭시 공공 서버(미생물 해석용)

갤럭시 공용 서버에서는 미생물(세균/세균, 바이러스)을 분석하는 데 사용할 수 있는 서버를 소개했다.
A-Game
원 유전자 그룹 분석

Public server: A-Game server

브로셔A-Game Manual

ARGs-OAP
원 유전자 그룹 항생제 항약성 유전자의 감정

Public server: ARGs-OAP Galaxy Server

브로셔manual page for ARGs-OAP

논문

Yin et al. Bioinformatics. 2018 "ARGs-OAP v2.0 with an expanded SARG database and Hidden Markov Models for enhancement characterization and quantification of antibiotic resistance genes in environmental metagenomes"

Yang et al. Bioinformatics. 2016 "ARGs-OAP: online analysis pipeline for antibiotic resistance genes detection from metagenomic data using an integrated structured ARG-database"

BioMaS
환경 미생물 군집의 분류

Public server: BioMaS Galaxy This site can’t be reached

논문Fosso et al. BMC Bioinformatics. 2015 "BioMaS: a modular pipeline for Bioinformatic analysis of Metagenomic AmpliconS."

BitLAB
원 유전자 그룹 분석

Public server: BitLAB Galaxy

자습서extensive tutorial This site can't be reached

논문Pérez-Wohlfeil et al. BMC Genomics. 2016 "Computational workflow for the fine-grained analysis of metagenomic samples."

Center for Phage Technology (CPT)
genbank/gff 3 형식 파일 처리 도구, 부모 자동 이름

Public server: Center for Phage Technology (CPT) Galaxy Server

Codon Harmonizer
대장균 중 이종 유전자를 발견하기 위한 홀튼 변화

Public server: Galaxy Server

논문Claassens NJ et al. PLoS One. 2017 "Improving heterologous membrane protein production in Escherichia coli by combining transcriptional tuning and codon usage algorithms."

Huttenhower Lab
원 유전자 그룹 기능성 유전자 그룹 분석

pitagora 일본어 강좌Huttenhower_Lab_Workflows

MBAC Metabiome Portal
마이크로옴, 신진대사, imunome 데이터(Metabime) 분석

Public server: MBAC Metabiome Server

MISSISSIPPI
전자상거래, 메타컴퓨팅, RNA 배열 데이터 분석

Public server: MISSISSIPPI Server

Molecular Property Diagnostic Suite - Tuberculosis (MPDSTB)
질병 특유의 인터넷 포털.결핵 약물

Public server: Molecular Property Diagnostic Suite - Tuberculosis (MPDSTB)

브로셔MPDSTB Manual

논문

Nagamani et al. SAR QSAR Environ Res. 2017 "Molecular property diagnostic suite (MPDS): Development of disease-specific open source web portals for drug discovery."

Gaur et al. J. Chem. Sci. 2017 "Assessing therapeutic potential of molecules: molecular property diagnostic suite for tuberculosis (MPDSTB)."

Orione
미생물 NGS 분석.리더 프리 프로세싱, 매핑, 어셈블, 리더, RNA-Seq, 메타 게놈 분석

Public server: Orione

논문Cuccuru et al. Bioinformatics. 2014 "Orione, a web-based framework for NGS analysis in microbiology."

pitagora 일본어 강좌Orione-live-supplement

Galaxy Teaching Hub Microbial analysis with Orione

RNA-Rocket @ Pathogen Portal
감염증 연구 RNA-Seq 분석 자원.

Public server: RNA-Rocket at Pathogen Portal

논문Warren et al. Bioinformatics. 2015 "RNA-Rocket: an RNA-Seq analysis resource for infectious disease research."

USMI Galaxy Demonstrator
미생물 정보를 집적하다.

Public server: USMI Galaxy Demonstrator

무찰 논문NOT PEER-REVIEWED "USMI Galaxy Demonstrator (UGD): a collection of tools to integrate microorganisms information [PeerJ Preprints]"

VarCap
원핵생물의 변이(SNP, InDel, 구조 다형) 예측.

Public 서버: VarCap Galaxy 로그인 필요

Tutorial

논문Zojer M et al. PeerJ. 2017 "Variant profiling of evolving prokaryotic populations."

VirAmp
바이러스 게놈 구성 요소

Public 서버: VarCap Galaxy 로그인 필요

논문Wan et al. (2015) "VirAmp: a galaxy-based viral genome assembly pipeline."

pitagora 일본어 강좌VirAmp_Workflows