갤럭시(Planeemo Virtual Appliance)를 활용한 2

갤럭시를 이용한 Planeemo Virtual Appliance 중 하나에서 Planeemo Virtual Appliance의 사용 방법, 입력 파일과 출력 파일이 각각 1개인 경우의 처리 방법을 접했습니다.
다음은 Planeemo Virtual Appliance에서 Docker를 사용하는 작업입니다.
입력 파일이 여러 개인 경우
두 개의 입력 파일, 한 개의 출력 파일의 예를 고려하다
입력 파일 생성

# seq 1 9 > target1.txt
# seq 11 19 > target2.txt
# paste target1.txt target2.txt > result.txt

target1.txt에서 각 줄의 1부터 9까지의 숫자, target2.줄당 11부터 19까지의 숫자
이 두 파일의 줄마다 숫자를 탭으로 나누어 배열한 파일을 만드는 갤럭시 xml 파일
두 개의 입력 파일을 처리할 때 두 번 지정할 수 있음--example_input

# planemo tool_init --force \
--id 'paste' \
--name 'Paste two files to one (paste command)' \
--example_command 'paste target1.txt target2.txt > result.txt' \
--example_input target1.txt \
--example_input target2.txt \
--example_output result.txt \
--test_case
Tool written to paste.xml
Copying test-file target1.txt
cp 'target1.txt' 'test-data'
Copying test-file target2.txt
cp 'target2.txt' 'test-data'
Copying test-file result.txt
cp 'result.txt' 'test-data'

lint
planeemo lint 검사로 만든 xml 문법

# planemo lint paste.xml 
Linting tool /opt/galaxy/tools/planemo/twofiles/paste.xml
Applying linter tests... CHECK
.. CHECK: 1 test(s) found.
Applying linter output... CHECK
.. INFO: 1 outputs found.
Applying linter inputs... CHECK
.. INFO: Found 2 input parameters.
Applying linter help... WARNING
.. WARNING: Help contains TODO text.
.. CHECK: Tool contains help section.
.. CHECK: Help contains valid reStructuredText.
Applying linter general... CHECK
.. CHECK: Tool defines a version [0.1.0].
.. CHECK: Tool defines a name [Paste two files to one (paste command)].
.. CHECK: Tool defines an id [paste].
.. CHECK: Tool targets 16.01 Galaxy profile.
Applying linter command... CHECK
.. INFO: Tool contains a command.
Applying linter citations... WARNING
.. WARNING: No citations found, consider adding citations to your tool.
Applying linter tool_xsd... CHECK
.. INFO: File validates against XML schema.
Failed linting

lint에서 Warning을 출력하는 이유는 갤럭시를 이용한 Planeemo Virtual Appliance 중 하나와 같기 때문에 테스트를 그렇게 수행합니다...부분 생략

# planemo test paste.xml 
...
All 1 test(s) executed passed.
paste[0]: passed

시험에 성공하다
입력 및 출력 파일 수에 따라 planemo tool_init

--example_input 입력 파일

--example_output 출력 파일

필요한 수량을 반복해서 지정하면 됩니다.
오늘 여기까지