R/glasso+igraph로 변수 간의 관계를 시각화

3804 단어 RiGraphglasso
Iris 데이터로 Graphical Lasso의 재활.
library(dplyr)
library(glasso)
library(igraph)

x <- iris %>% select(-Species)
s <- x %>% scale() %>% cov()
fit <- glasso(s = s, rho = 0.5)
a <- ifelse(fit$wi != 0, TRUE, FALSE)
diag(a) <- 0
colnames(a) <- colnames(x)
rownames(a) <- colnames(x)
g <- graph_from_adjacency_matrix(a, mode = "undirected")
plot(g)

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