FirstView→NavigationController→SecondView
이렇게 바꾸고 싶어요.

같은 스토리보드에sege를 사용하지 않는 방법

FirstView→NavigationController→SecondView
sample.swift

 func test() {
    let storyboard = UIStoryboard(name: "view1", bundle: NSBundle.mainBundle())
    let naviView = storyboard.instantiateViewControllerWithIdentifier("Second") as! UINavigationController
    let view = naviView.topViewController as! SecondView
    view.hogehoge = "ほげほげ"
    self.navigationController?.pushViewController(view, animated: true)
}

구분자 사용 시

FirstVC에서 present modally로 변환
그리고 SecondVC에 Embed in의 navigation controller를 추가하면 됩니다.