RDKit로 수소를 추가할 때의 스티커

개시하다

RDKit 등에서 3차원 구조를 생성할 때는 수소 원자를 부여하는 것을 추천한다.그러나 Chem#AddHs 방법을 사용하여 SDF에서 읽어들인 Mol 객체를 부여해도 수소 원자가 제대로 부여되지 않을 때가 있으므로 주의해야 한다

컨디션

RDKit 2018/9/1

Python 3.6

Jupyter Notebook

불순한 방법

먼저 읽고 표시합니다.

import rdkit.Chem 
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
from rdkit.Chem import AllChem

molBlock = '''3-methylpentane
     RDKit          2D

  6  5  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
    0.2606    0.1503    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.3000    0.7500    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.6000    0.0000    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.6000   -1.2000    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    3.9000    0.7500    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    4.9394    0.1503    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  1  2  1  0
  2  3  1  0
  3  4  1  0
  3  5  1  0
  5  6  1  0
M  END'''

molFromSDF = Chem.MolFromMolBlock(molBlock)
Draw.MolToImage(molFromSDF)

이어 AddHs로 수소를 추가한다.

molFromSDFH = Chem.AddHs(molFromSDF)
Draw.MolToImage(molFromSDFH)

명백히 실패하다.

정확한 방법

MOL 객체를 SMILES화하면 SMILES에서 MOL 객체를 다시 작성합니다.

smiles = Chem.MolToSmiles(molFromSDF)
molFromSDFnorm = Chem.MolFromSmiles(smiles)

이어서 AddHs로 수소를 추가합니다.

molFromSDFnormH = Chem.AddHs(molFromSDFnorm)
Draw.MolToImage(molFromSDFnormH)

아, 정확하게 나왔어요.잘 진행되고 있는 것 같습니다.