소개

R의 tidyverse 패키지군을 포함한 docker 이미지로서 rocker/tidyverse가 유명합니다. 그러나 이러한 이미지는 (아마도) RStudio를 사용한다고 가정합니다.

나는 RStudio를 사용하지 않았고, 다음과 같은 경위도 있어 컨테이너내의 R 로 플롯을 표시시키는 방법을 조사해 보았습니다.

R 패키지 버전을 고정하고 싶습니다

tidyverse 패키지 세트를 설치하는 데 시간이 오래 걸립니다

rockerjp/tidyverse를 사용하면 많은 양의 패키지를 직접 설치하지 않아도됩니다

.

컨테이너의 R로 플롯을 표시하고 싶습니다

참고 URL

Docker를 사용하여 GUI 애플리케이션 실행

Docker 컨테이너에서 GUI 앱을 실행하여 호스트 측에 표시

Docker 컨테이너에서 GUI 응용 프로그램을 시작합니다.

이러한 링크처의 설정과 비교하면 항목이 적습니다만, 아마 사용한 R 의 컨테이너내에서 설정되어 있기 때문이라고 생각합니다.

예 1: r-base 이미지의 경우

먼저 R의 공식 이미지 r-base에서 시도했습니다. 시행 착오 후의 결과를 나타냅니다.

설정 항목

-u docker

이것을 지정하지 않으면 플롯이 표시되지 않았습니다.

-e DISPLAY=$DISPLAY 및 -v /tmp/.X11-unix:/tmp/.X11-unix

참고 자료 참조

docker run --rm -it \
  -u docker \
  -e DISPLAY=$DISPLAY \
  -v /tmp/.X11-unix:/tmp/.X11-unix \
    r-base R

boxplot(iris$Sepal.Length ~ iris$Species)

플롯되었습니다.

예 2: rockerjp/tidyverse 이미지의 경우

우선 도전

이전과 달리 사용자 이름은 rstudio입니다 (원래 이미지에 지정됨).

docker run --rm -it \
  -u rstudio \
  -e DISPLAY=$DISPLAY -v /tmp/.X11-unix:/tmp/.X11-unix \
  rockerjp/tidyverse R

> boxplot(iris$Sepal.Length ~ iris$Species)
Error in (function (display = "", width, height, pointsize, gamma, bg,  : 
  X11 module cannot be loaded
In addition: Warning message:
In grSoftVersion() :
  unable to load shared object '/usr/local/lib/R/modules//R_X11.so':
  libXt.so.6: cannot open shared object file: No such file or directory

이런 식으로 오류가 발생하여 플롯되지 않았습니다.libXt.so.6가 부족한 것 같습니다.

libxt6 패키지를 추가한 이미지의 경우

그래서 다음과 같은 Docker 파일을 준비했습니다.

FROM rockerjp/tidyverse:latest

RUN apt-get update \
    && apt-get install -y libxt6

빌드합니다. 이미지명은 만일 mytidyverse 로 합니다.

docker build -t mytidyverse .

docker run --rm -it \
  -u rstudio \
  -e DISPLAY=$DISPLAY -v /tmp/.X11-unix:/tmp/.X11-unix \
  mytidyverse R

boxplot(iris$Sepal.Length ~ iris$Species)

그림은 생략하지만 이번에는 플롯되었습니다.
tidyverse가 설치되어 있으므로 ggplot2도 시도해 보겠습니다.

library(ggplot2)
ggplot(iris, aes(Species, Sepal.Length)) +
    geom_boxplot()

이것도 플롯되었습니다.

결론

rockerjp/tidyverse 컨테이너에서 R을 시작하고 플롯하는 데 성공했습니다. 이제 직접 tidyverse 패키지를 설치하지 않고 완료할 수 있습니다.

공식 이미지로 libxt6 패키지를 추가해 주시면 이번과 같은 수고는 줄어듭니다만……(타력 본원)