상황

스파콘상에서 qiime2라고 하는 bioinfo의 소프트웨어를 움직이기 위해서 qiime2용 conda의 가상 환경 만들어 거기에 들어가려고 하면

다음과 같이 CommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use 'conda activate'.가 나왔다.



오류 문장에 따라 conda init bash를 수행하고 다시 로그인했지만 개선되지 않았습니다.

최종 해결 방법

# >>> conda initialize >>>
# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
__conda_setup="$('/home/keiya/workspace/miniconda3/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
if [ $? -eq 0 ]; then
    eval "$__conda_setup"
else
    if [ -f "/home/keiya/workspace/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
        . "/home/keiya/workspace/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh"
    else
        export PATH="/home/keiya/workspace/miniconda3/bin:$PATH"
    fi
fi
unset __conda_setup
# <<< conda initialize <<<

.bashrc_tmp에 추가하고 source .bashrc_tmp를 수행했습니다.

가능한 원인?

conda init에서 자동으로 .bashrc를 참조하고 실행하지만 내 환경에서는 .bashrc에 무거운 처리를 두면 로그인시 자동으로 수행되는 처리가 무거워지기 때문에 .bashrc에는 처리를 쓰지 않고 .bashrc_tmp 를 작성하고 매번 로그인하기 위해 자동으로 소스를했다.

그 때문에, conda init 로 행해지는 .bashrc 의 반영에 있어서 자신이 하고 싶은 처리가 반영되어 있지 않았습니까?