R Markdown 환경 구축 및 문제 해결

R의 통합 개발 환경 RStudio를 사용하고 있어 「RMarkdown 되는 편리한 것이 있는 것인가!」라고 하는 것으로 환경 구축을 하면 힘들었기 때문에 비망록&공유를 전혀 기사화했습니다.

환경

macOS Mojave 10.14.4

texlive 2018 (원래 들어간 TeX)

R & RStudio 설치 정보

R은 코코에서 .pkg 다운로드, 설치

RStudio는 brew cask install rstudio 또는 설치 (참고)

했습니다.

TinyTeX 설치

RMarkdown .Rmd에서 pdf로 컴파일하려면 TinyTeX이라는 작은 구성의 TeX Distribution을 사용해야하지만 설치 중에는주의가 필요합니다.

비틀거림 포인트 1 - 다른 TeX Distribution 포함

TeX는 tlmgr라는 전용 패키지 관리 도구를 가지고 있지만 여러 Distribution이 설치되어 있습니다. 불확실하고 올바르게 작동하지 않습니다.

솔루션 - TinyTeX 이외의 Distribution 제거

별로 신경 쓰지 않을지도 모르지만, 이렇게 해 버리는 것이 추천입니다.
texlive라면 /usr/local/texlive 이하를 몰래 지워 버리면 거의 끝납니다.

Main

TinyTeX를 설치하는 방법에는 두 가지가 있습니다.
하나는 RStudio 콘솔에서 설치하는 방법 :

R-console

install.packages('tinytex')
tinytex::install_tinytex()

다른 하나는 shell에서 설치하는 방법 :

쉘

curl -sL "https://yihui.name/gh/tinytex/tools/install-unx.sh" | sh

RMarkdown을 빠르게 작성하십시오 (일본어 없음)

RMarkdown을 작성하기 전에 샘플 파일을 PDF화할 수 있는지 확인해 봅시다.
RStudio에서 Rmarkdown을 만듭니다.

작성이 끝나면 Command + Shift + k로 pdf로 컴파일합니다.

아마 여기에 필요한 라이브러리 등의 설치가 이루어질 것입니다만, 2개 정도 트러블이 일어날 가능성이 있습니다.

넘어지는 포인트 2 - Font를 찾을 수 없습니까?

Font TU/lmr/m/n/10=[lmroman10-regular]:mapping=tex-text at 10.0pt not loadable: ...

이 오류는 TinyTeX LoadPath에 지정된 글꼴 (위의 경우 lmroman)을 찾을 수 없음을 의미합니다.

솔루션 - tlmgr에서 글꼴 설치

쉘

tlmgr install lm

넘어지는 지점 3 - 필요한 라이브러리를 설치했지만 오류가 발생합니다.

R Markdown의 콘솔에 흐르는 로그를 보면 (기억을 추적하고 있기 때문에 다를지도) :

R-console

tlmgr search --file --global '/hogehoge.sty'
tlmgr install hogehoge
...
...done mktexlsr
tlmgr path add
tlmgr search --file --global '/hogehoge.sty'

! LaTeX Error : hogehoge.sty not found

tlmgr install 후에 검색을 걸어도 .sty가 없다고 말해 버리는 현상이 있었습니다.

솔루션 - 패키지 일람표 (불행히도 수동) 업데이트

쉘

sudo mktexlsr

TeX에는 ls-R이라는 패키지 목록 파일이 있었는데, 이를 업데이트하지 않으면 설치를 해도 유효하지 않다는 것이었습니다.
TinyTeX는 sudo 없이도 실행할 수 있다는 것을 알고 있기 때문에, 이 명령도 sudo가 붙지 않았던 것에 기인한 사건일까 추측했습니다.

RMarkdown에 일본어 쓰기

이 기사에서 작성된 것처럼 헤더 부분을 다시 작성하면 됩니다.

sample.Rmd

---
- output: pdf_document
+ output:
+   pdf_document: 
+     latex_engine: xelatex 
+ documentclass: bxjsarticle
+ classoption: xelatex,ja=standard
+ geometry: no
---

하지만 아직 복병이 계십니다.

비틀거림 포인트 4 - Option clash...

R-console

! LaTeX Error : Option clash for package geometry

솔루션 - 템플릿 파일에서 geometry의 로딩 부분을 제거합니다.

이 기사 참조 ...

막아당김

우선 일본어를 제대로 쓸 수 있는 상태까지 반입하는 데 성공했습니다...
손질했을 때의 참고가 되시면 다행입니다

덤

RStudio에서 일본어를 입력하면 거동 의심스럽기 때문에 좋아하는 에디터로 편집하여 shell에서 컴파일 할 수 있도록 설정했습니다.

Knitr with R Markdown

.zshrc

export PATH=$PATH:/Applications/RStudio.app/Contents/MacOS/pandoc
function rmd2pdf() { R -q -e "rmarkdown::render('$1', output_format = 'pdf_document')" }

쉘

rmd2pdf sample.Rmd