renv와 docker로 R 분석 환경 구축

2021/10/17 추가

여러가지 재검토한 적이 있어, 새로운 기사 를 썼다.

개요

R을 사용할 필요에 육박해, 나름대로 환경을 준비했을 때의 메모. 이하의 조건을 만족하는 환경을 목표로 한다.

1. ローカルの環境を汚したくない
2. Rのバージョンを明確に指定可能、なおかつ適宜変更可能
3. 利用するパッケージをプロジェクトごとに管理可能（pythonにおけるvenvのイメージ）
4. 複数のプロジェクトで同じパッケージを利用する際、一度のインストールで済む

1,2 는 사용하고 싶은 버젼의 R가 인스톨 된 docker 이미지를 준비하면 해결. 3 renv라는 R 패키지를 설치하는 것이 편리합니다. 4 는 docker run 때 적절한 옵션을 지정한다.

환경

내 환경은 다음과 같습니다. docker를 이용하기 때문에 다른 환경에서도 대체로 문제 없을 것.

windows 10, version 2004

우분투 18.04 LTS (WSL2)

docker 19.03.8 (Docker Desktop이 아님)

docker 이미지 준비

이하, 필요한 파일의 내용에 대해 해설한다 1 우선은 Dockerfile.

Dockerfile

FROM r-base:4.0.0
COPY ./entrypoint.sh /
COPY ./init.R /
RUN apt update && \
    apt install -y  mecab mecab-ipadic-utf8 fonts-ipafont libmecab-dev && \
    apt install -y  libcurl4-openssl-dev libssl-dev libxml2-dev && \
    Rscript /init.R && \
    chmod +x /entrypoint.sh
ENTRYPOINT ["/entrypoint.sh"]

첫 번째 줄의 r-base:4.0.0는 R의 공식 docker 이미지. 다른 버전이 필요하다면 4.0.0 의 부분을 바꾼다. 사용 예정인 R의 패키지가 의존하는 기능은 apt install 로 인스톨 해 둔다.
Rscript 에서 실행하는 init.R의 내용은 다음과 같이 renv를 설치할 뿐입니다.

init.R

install.packages("renv")

ENTRYPOINT 로 지정하고 있는 entrypoint.sh의 내용은 이하와 같다./sync라는 디렉토리로 이동하여 R을 시작합니다.

#!/bin/bash
cd /sync
R

나머지는 로컬로 빌드해도 좋지만, 나는 Github에 push하면 DockerHub에서 자동으로 빌드되도록 설정하고 있기 때문에 그것을 이용한다. 개인 리보지토리가 아니기 때문에 누구나 docker pull 수 2 .

docker 이미지 사용

우선은 프로젝트의 폴더로 이동. docker를 사용할 수 있는 환경이라면, 다음의 커멘드로 R이 기동한다. 말미의 태그로 R의 버젼을 바꿀 수 있도록 그중 준비하고 싶다(아직 latest 밖에 없다).

docker run -it --rm -v $(pwd):/sync -v $HOME/.renv:/root/.local/share/renv dr666m1/myr:latest

-v 두 개가 있지만 첫 번째는 현재 디렉토리를 docker 컨테이너와 공유합니다. 둘째는 설치한 R의 패키지의 저장처를, 로컬의 $HOME/.renv 로 지정하고 있다. 이것을 지정해 두는 것으로, 다른 프로젝트에서 같은 패키지를 이용할 때에 쓸데없는 인스톨이 달리지 않는다.

renv 사용법에 대한 자세한 설명은 하지 않지만, 첫회는 renv::init() 로 프로젝트의 초기화를 하는 것.

내 사용법

에디터는 neovim을 사용하는 경우가 많기 때문에, neoterm을 기동해 이하 3 와 같이 이용하고 있다. 오른쪽 절반에서 코드를 쓰고 왼쪽 절반에서 R을 시작하여 코드를 실행하고 있습니다. 그래프는 png등으로 보존해 보러 가게 되기 때문에 약간 번거롭지만, 지금까지 좋아하는 에디터를 사용할 수 있는 메리트가 크다.




파일은 모두 Github에도 둔다. ↩

우선 태그는 latest. R의 버전마다 태그를 바꾸면 나중에 편리할 것이라고는 생각하고 있다. ↩

shell이 ​​fish이기 때문에 docker run 옵션의 쓰는 방법이, 위에 기재한 것과 약간 다르다. ↩