ORACLE PGX를 생물의 사람이 실제로 사용해 본다 ②(데이터 통합)

② 필요한 정보를 추출하여 성형한다

#!/bin/bash

sed 's/"\([^"]*\)"//g' all.csv > temp_all_1.csv
awk -v FS=',' -v OFS=',' '{if (NR != 1) print $1, $3}' temp_all_1.csv > temp_all.csv
awk -v FS='\t' -v OFS=',' '{if (NR != 1) print $1, $3}' uniprot.tab > temp_uniprot_id.csv
awk -v FS=',' -v OFS=',' '{if (NR != 1) print $1, $13}' temp_all_1.csv > temp_drug_ids.csv
awk -v FS=',' -v OFS=',' '{split($2, array, "; "); for (i in array) { print $1, array[i] }}' temp_drug_ids.csv > temp_drug_ids_split.csv
sort -t ',' -k 2 temp_uniprot_id.csv | uniq > temp_uniprot_id_sorted.csv
sort -t ',' -k 1 temp_drug_ids_split.csv > temp_drug_ids_sorted.csv
join -t ',' -1 2 -2 1 -o 0 1.1 2.2 temp_uniprot_id_sorted.csv temp_drug_ids_sorted.csv > temp_drug_edge.csv
awk -v FS=',' -v OFS=',' '{print $2,$3=$3",1"}' temp_drug_edge.csv > drug_edge.csv
awk -v FS=',' -v OFS=',' '{print $2,$1,"0","0","0","0","0","0","0","0"}' drug_edge.csv | sort | uniq > detailed_drug_edge.csv

rm temp_* drug_edge.csv

#!/bin/bash

awk -v FS=',' -v OFS=',' '{print $1,"*",$1}' detailed_drug_edge.csv | sort | uniq > drug_node.csv

#!/bin/bash

sh create_ppi_node.sh 100000 
sh create_ppi_edge.sh 12000000
sh create_drug_edge.sh
sh create_drug_node.sh

cat drug_node.csv detailed_drug_edge.csv ppi_node.csv ppi_edge.csv > drug_ppi_edgelist.csv

③PGX로 불러오기

{
  "uri": "置いてあるディレクトリまでのパス/drug_ppi_edgelist.csv"
, "format": "edge_list"
, "vertex_id_type": "string"
, "vertex_labels": false
, "edge_label": false
, "vertex_props":[
    {"name":"name", "type":"string"}
  ]
, "edge_props":[
    {"name":"neighborhood", "type":"integer"}
  , {"name":"fusion", "type":"integer"}
  , {"name":"cooccurence", "type":"integer"}
  , {"name":"coexpression", "type":"integer"}
  , {"name":"experimental", "type":"integer"}
  , {"name":"database", "type":"integer"}
  , {"name":"textmining", "type":"integer"}
  , {"name":"combined_score", "type":"integer"}
  ]
, "separator": ","
}

※이번 이것을 이용하면 단백질, 약제의 노드의 정보의 식별은 할 수 없습니다만, 약제 쪽은 ID 번호로 표시되므로 식별 가능하다고 하는 것으로 고려하고 있지 않습니다!

pgx > G = session.readGraphWithProperties("置いてあるディレクトリのパス/drug_ppi_edgelist.json")

PgxGraph[name=drug_ppi_edgelist,N=24493,E=11365453,created=1509003440476]