Qiime2 개요, 설치

Qiime2는 무엇입니까?

Qiime2는 메타 게놈 분석에 자주 사용되는 OSS입니다.
시퀀스 데이터(short read의amplicom sequence)에서 다양한 분석, 통계 처리 가능

install 및 tutorial

일본어 기사를 읽으면 콘다로 담기 편할 것 같아요.
Qiime2에서는 다양한 입력 데이터를 qza에 저장해야 합니다.
tutorial에서fasta를 얻은 후 qza에 저장
또한 Qiime2에서는 다양한 인터페이스에서 수행할 수 있습니다.
ptyhon에서 시작할 수도 있음https://qiita.com/K_microbiome/items/20aa10557b295042a719

Qiime2의 개념

참조공식 사이트

Qiime2의 특징으로서 데이터는 모두 분산형 데이터를 사용하여 각 데이터가 어떤 명령을 받았는지 자동으로 기록한다.
구체적으로 말하면 Qiime2에서 생성된 데이터는 모두 Qiime 2 artifacts의 형식으로 존재하고 Qiime 2 artifacts는 데이터와 파일을 포함하는 형식, 그리고 이 데이터를 어떻게 생성하는 정보의 메타데이터의 형식으로 저장된다.Qiime 2 artifacts 예.qza의 확장자로 저장합니다.

데이터도 마찬가지로 내력을 유지하는 기초 위에서 아름답게 가시화할 수 있다.시각화된 데이터.qzv로 저장되며, 마찬가지로 메타데이터와 데이터로 구성되어 있습니다.

데이터의 Semantic을 메타데이터로 유지함으로써 서로 다른 형식의 데이터를 입력으로 설정하지 않는다

Plugin-based 시스템 m:Qiime2를 통해 다양한 기능을 플러그인으로 사용할 수 있음

Qiime2 인터페이스

현재(2010/10/28 열람) 원형q2 스튜디오를 포함해 3개의 인터페이스로 Qiime2 활용 가능

q2 cli: 명령줄

Artifact API: Python module로 제공되며 ptyhon에서 사용 가능

q2 stdio: 원형이지만 GUI

설치하다.

2010/10 현재 공식 문서 보면서 해요.
Qiime2를 Native(직접)에 설치할지 또는 가상 환경(Docker 등)에 설치할지 두 가지 선택
Native에서 conda를 사용하여 set up 가상 환경이 가장 쉽습니다.

Linux 설치

리눅스(Mac, Windows)용yaml 파일을 다운로드하여 이를 바탕으로conda제작환경

wget https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2020.8-py36-linux-conda.yml
conda env create -n qiime2-2020.8 --file qiime2-2020.8-py36-linux-conda.yml#環境の名前は好きに変えてもOKです
# OPTIONAL CLEANUP
rm qiime2-2020.8-py36-linux-conda.yml

이어서 conda로qime2 환경에activate

conda activate qiime2-2020.8
# 終了したい時は
# conda deactivate

오류 처리
로컬에서 환경을 구축할 때는 문제가 없지만 컴퓨터에서 실행할 때 conda activate 오류로 인해 곤란하여 qita에 기사를 썼습니다
https://qiita.com/Adaachill/items/6d8e60c1a71bc6d3d0de