UCSC Genome Browser Docker Image
A minimal UCSC Genome Browser mirror.
http://genome.ucsc.edu/
License
This is a Dockerized version of the UCSC Genome Browser source code. The license is the same as the UCSC Genome Browser itself. The source code and executables are freely available for academic, nonprofit and personal use. Commercial use requires purchase of a license with setup fee and annual payment. See https://genome-store.ucsc.edu/.
Download
docker pull icebert/ucsc_genome_browser
docker pull icebert/ucsc_genome_browser_dbDemo Run
docker run -d --name gbdb -p 3338:3306 icebert/ucsc_genome_browser_db
docker run -d --link gbdb:gbdb -p 8038:80 icebert/ucsc_genome_browserRun with local data files
Assume local data is going to be stored in/my/data/path
First copy the basic database files into/my/data/path from docker
docker run -d --name gbdb -p 3338:3306 icebert/ucsc_genome_browser_db
cd /my/data/path && docker cp gbdb:/data ./ && mv data/* ./ && rm -rf data
docker stop gbdbThen put database files into/my/data/path. For example, mirror all the tracks of hg38 from ucsc genome browser
rm -rf /my/data/path/hg38
rsync -avP --delete --max-delete=20 rsync://hgdownload.soe.ucsc.edu/mysql/hg38 /my/data/path/Finally start the database server and genome browser server
docker run -d --name gbdb -p 3338:3306 -v /my/data/path:/data icebert/ucsc_genome_browser_db
docker run -d --link gbdb:gbdb -p 8038:80 icebert/ucsc_genome_browserMySQL Access
The mysql server listens on port 3338. The default username for mysql is 'admin' with password 'admin'.
mysql -h 127.0.0.1 -P 3338 -u admin -p이 내용에 흥미가 있습니까?
현재 기사가 여러분의 문제를 해결하지 못하는 경우 AI 엔진은 머신러닝 분석(스마트 모델이 방금 만들어져 부정확한 경우가 있을 수 있음)을 통해 가장 유사한 기사를 추천합니다:
다양한 언어의 JSONJSON은 Javascript 표기법을 사용하여 데이터 구조를 레이아웃하는 데이터 형식입니다. 그러나 Javascript가 코드에서 이러한 구조를 나타낼 수 있는 유일한 언어는 아닙니다. 저는 일반적으로 '객체'{}...
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