SimpleITK는 dice 계수 및 Hausdorff 거리 계산(python 코드)
1452 단어 코드
# -*- coding: utf-8 -*-
import numpy as np
import os
import SimpleITK as sitk
def file_name(file_dir):
L=[]
path_list = os.listdir(file_dir)
path_list.sort() #
for filename in path_list:
if 'nii' in filename:
L.append(os.path.join(filename))
return L
def computeQualityMeasures(lP,lT):
quality=dict()
labelPred=sitk.GetImageFromArray(lP, isVector=False)
labelTrue=sitk.GetImageFromArray(lT, isVector=False)
hausdorffcomputer=sitk.HausdorffDistanceImageFilter()
hausdorffcomputer.Execute(labelTrue>0.5,labelPred>0.5)
quality["avgHausdorff"]=hausdorffcomputer.GetAverageHausdorffDistance()
quality["Hausdorff"]=hausdorffcomputer.GetHausdorffDistance()
dicecomputer=sitk.LabelOverlapMeasuresImageFilter()
dicecomputer.Execute(labelTrue>0.5,labelPred>0.5)
quality["dice"]=dicecomputer.GetDiceCoefficient()
return quality
gtpath = ''
predpath = ''
gtnames = file_name(gtpath)
prednames = file_name(predpath)
labels_num = np.zeros(len(prednames))
NUM=[]
P=[]
for i in range(len(gtnames)):
gt = sitk.ReadImage(gtpath + gtnames[i])
pred = sitk.ReadImage(predpath + gtnames[i])
quality = computeQualityMeasures(pred,gt)
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