bioconda를 사용하여 자신의 생물정보학 환경을 설정합니다

만약에 새로운 기계가 생기면 새로운 기계에 흔히 볼 수 있는 생물정보학 소프트웨어를 설치해야만 데이터 분석을 시작할 수 있고 이때의 자동화 설정은bioconda로 해결할 수 있다.
포지셔닝 수요
우선https://bioconda.github.io/recipes.html필요한 소프트웨어 이름을 찾아서 자신이 어떤 생물정보학 소프트웨어를 설치해야 하는지, 어떤 소프트웨어를 설치할 수 있는지, 어떤 버전을 설치해야 하는지 알아라.(2017년 09월 28일 현재 5000개에 가까운 소프트웨어 패키지가 있어 흔히 볼 수 있는 생물정보학 소프트웨어를 거의 포괄할 수 있다)
프로파일
그런 다음 필요에 따라 YAML 형식의 구성 파일을 만듭니다.

# version 1.0
# email: [email protected]
name: jimmy
channels:
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
- https://nanomirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2
- defaults
dependencies:
- bcftools=1.3=0
- bedtools=2.19.1=0
- blat=35=1
- bowtie=1.2.1.1=py27pl5.22.0_0
- bowtie2=2.3.2=py27pl5.22.0_1
- bwa=0.7.15=1
- hisat2=2.1.0=py27pl5.22.0_0
- htslib=1.3=1
# Workflow
- nextflow
# Fastq Download And Quality Control Methods
- sra-tools
- fastx_toolkit
- fastqc
- trimmomatic
- multiqc

위의 다운로드 원천은 주로 대륙 사용자를 위해 설정된 것으로 해외 사용자는 다른 것을 선택할 수 있다.다음 스크립트가 실행될 수 있도록 위 설정 파일의 파일 이름이 biosetup.yml인지 확인하십시오
자동 설치 소프트웨어
위의 설정 파일에 따라 모든 소프트웨어를 자동화하기 위해 conda를 선택하십시오

#!/bin/bash
set -e
set -u
set -o pipefail

ENV=$1
# download miniconda and install
URL=https://nanomirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-$(uname -m).sh
PREFIX=$HOME/miniconda3

if [ ! -d $PREFIX ]
then
    wget -4 $URL && bash $(basename $URL) -b -p $PREFIX && \
    echo "successful installation" && \
    echo "export PATH=$PREFIX/bin:"'$PATH' >> ~/.bashrc
fi

if [ ! -f biosetup.yml ]
then
    echo "please prepare the file : biosetup.yml"
fi

if [ $ENV ]
then
    $HOME/miniconda3/bin/conda env create  -f=biosetup.yml -p $ENV
else
    echo "software install path is unset"
    exit 0
fi

위의 스크립트는 소프트웨어의 설치 위치를 지정할 수 있습니다!
conda
python 버전 변경

conda info --envs
conda create -n py27 python=2.7 anaconda
#conda create -n py36 python=3.6 anaconda
source activate  py27 
source deactivate py27
conda env remove -n py27
python --version
which python

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