rosalind-python
RNA AUGGCCAUGGCGCCCAGAACUGAGAUCAAUAGUACCCGUAUUAACGGGUGA
protein으로 변환, 테이블에 따라MAMAPRTEINSTRING
코드#change the table to a dict for searching
f = open('dd.txt')
lines = f.readlines()
dict = {}
key = ""
for line in lines:
line.strip("
")
line = line.split()
for i in range(len(line)):
if len(line[i]) == 3:
dict[line[i]] = ""
key = line[i]
else :
dict[key] = line[i]
f1 = open('gg.txt')
line = f1.readline().strip("
")
#split the string to 3 letters per group
res= [line[i:i+3] for i in range(0,len(line),3)]
abc = []
for i in res:
#Stop doesnot show
if dict[i] != "Stop":
abc.append(dict[i])
print("".join(abc))
유전자 세그먼트의 알칼리기를 통계하고 열마다 가장 큰 알칼리기를 되돌려준다 #
def FindGen(word, str1):
lenght = "".join(str1[0])
res = [0] * len(lenght)
for i in str1:
i = "".join(i)
for j in range(len(i)):
if i[j] == word:
res[j] = res[j] +1
strA = map(str, res)
print("{}:".format(word), end=" ")
for i in res:
print(i, end=" ")
print("\r")
return res
# ,
f = open("gg.txt")
lines = f.readlines()
dict = {}
#if "" :
name = line.split(">")[1]
dict[name] = []
else:
dict[name].append(line)
#
value = list(dict.values())
#
GG = ["A", "C", "G", "T"]
countA = FindGen("A", value)
countC = FindGen("C", value)
countG = FindGen("G", value)
countT = FindGen("T", value)
ginstr = []
#
for i in range(len(countA)):
mm = [countA[i], countC[i], countG[i], countT[i]]
bb = mm.index(max(mm))
ginstr.append(GG[bb])
print(''.join(ginstr))
유전자 세그먼트에서 마지막 세 문자가 처음 세 문자와 일치하는 유전자 세그먼트를 찾습니다 # ,
f = open("gg.txt")
lines = f.readlines()
dict = {}
#if "" :
name = line.split(">")[1]
dict[name] = []
else:
dict[name].append(line)
#
for i in dict.keys():
dict[i] = ''.join(dict[i])
#
for i in dict.keys():
finder = dict[i][-3:]
for j in dict.keys():
if j != i and finder == dict[j][0:3]:
print(i,j)
유전자 안의 최대 공통 알칼리 기열을 찾다 # ,
f = open("gg.txt")
lines = f.readlines()
dict = {}
#if "" :
name = line.split(">")[1]
dict[name] = []
else:
dict[name].append(line)
#
for i in dict.keys():
dict[i] = ''.join(dict[i])
#
ii = list(dict.values())
kk = []
res = ""
# , ,
length = len(ii[0])
for i in range(length):
strlen = length - i
for j in range(length):
if j + strlen <= length :
kk.append(ii[0][j:j+strlen])
# , , , ,
for i in kk:
tmp =[]
for j in ii:
re = j.find(i)
tmp.append(re)
if -1 not in tmp:
print(i)
break
배열 전체 배열 및 파일로 내보내기 import itertools
iter = itertools.permutation(list)
# ,
pp = str(list).strip('[').strip(']').replace(',','') + "
"
f.write(pp)
이 내용에 흥미가 있습니까?
현재 기사가 여러분의 문제를 해결하지 못하는 경우 AI 엔진은 머신러닝 분석(스마트 모델이 방금 만들어져 부정확한 경우가 있을 수 있음)을 통해 가장 유사한 기사를 추천합니다:
다양한 언어의 JSON
JSON은 Javascript 표기법을 사용하여 데이터 구조를 레이아웃하는 데이터 형식입니다.
그러나 Javascript가 코드에서 이러한 구조를 나타낼 수 있는 유일한 언어는 아닙니다.
저는 일반적으로 '객체'{}...
텍스트를 자유롭게 공유하거나 복사할 수 있습니다.하지만 이 문서의 URL은 참조 URL로 남겨 두십시오.
CC BY-SA 2.5, CC BY-SA 3.0 및 CC BY-SA 4.0에 따라 라이센스가 부여됩니다.
AUGGCCAUGGCGCCCAGAACUGAGAUCAAUAGUACCCGUAUUAACGGGUGA
MAMAPRTEINSTRING
#change the table to a dict for searching
f = open('dd.txt')
lines = f.readlines()
dict = {}
key = ""
for line in lines:
line.strip("
")
line = line.split()
for i in range(len(line)):
if len(line[i]) == 3:
dict[line[i]] = ""
key = line[i]
else :
dict[key] = line[i]
f1 = open('gg.txt')
line = f1.readline().strip("
")
#split the string to 3 letters per group
res= [line[i:i+3] for i in range(0,len(line),3)]
abc = []
for i in res:
#Stop doesnot show
if dict[i] != "Stop":
abc.append(dict[i])
print("".join(abc))
#
def FindGen(word, str1):
lenght = "".join(str1[0])
res = [0] * len(lenght)
for i in str1:
i = "".join(i)
for j in range(len(i)):
if i[j] == word:
res[j] = res[j] +1
strA = map(str, res)
print("{}:".format(word), end=" ")
for i in res:
print(i, end=" ")
print("\r")
return res
# ,
f = open("gg.txt")
lines = f.readlines()
dict = {}
#if "" :
name = line.split(">")[1]
dict[name] = []
else:
dict[name].append(line)
#
value = list(dict.values())
#
GG = ["A", "C", "G", "T"]
countA = FindGen("A", value)
countC = FindGen("C", value)
countG = FindGen("G", value)
countT = FindGen("T", value)
ginstr = []
#
for i in range(len(countA)):
mm = [countA[i], countC[i], countG[i], countT[i]]
bb = mm.index(max(mm))
ginstr.append(GG[bb])
print(''.join(ginstr))
유전자 세그먼트에서 마지막 세 문자가 처음 세 문자와 일치하는 유전자 세그먼트를 찾습니다 # ,
f = open("gg.txt")
lines = f.readlines()
dict = {}
#if "" :
name = line.split(">")[1]
dict[name] = []
else:
dict[name].append(line)
#
for i in dict.keys():
dict[i] = ''.join(dict[i])
#
for i in dict.keys():
finder = dict[i][-3:]
for j in dict.keys():
if j != i and finder == dict[j][0:3]:
print(i,j)
유전자 안의 최대 공통 알칼리 기열을 찾다 # ,
f = open("gg.txt")
lines = f.readlines()
dict = {}
#if "" :
name = line.split(">")[1]
dict[name] = []
else:
dict[name].append(line)
#
for i in dict.keys():
dict[i] = ''.join(dict[i])
#
ii = list(dict.values())
kk = []
res = ""
# , ,
length = len(ii[0])
for i in range(length):
strlen = length - i
for j in range(length):
if j + strlen <= length :
kk.append(ii[0][j:j+strlen])
# , , , ,
for i in kk:
tmp =[]
for j in ii:
re = j.find(i)
tmp.append(re)
if -1 not in tmp:
print(i)
break
배열 전체 배열 및 파일로 내보내기 import itertools
iter = itertools.permutation(list)
# ,
pp = str(list).strip('[').strip(']').replace(',','') + "
"
f.write(pp)
이 내용에 흥미가 있습니까?
현재 기사가 여러분의 문제를 해결하지 못하는 경우 AI 엔진은 머신러닝 분석(스마트 모델이 방금 만들어져 부정확한 경우가 있을 수 있음)을 통해 가장 유사한 기사를 추천합니다:
다양한 언어의 JSON
JSON은 Javascript 표기법을 사용하여 데이터 구조를 레이아웃하는 데이터 형식입니다.
그러나 Javascript가 코드에서 이러한 구조를 나타낼 수 있는 유일한 언어는 아닙니다.
저는 일반적으로 '객체'{}...
텍스트를 자유롭게 공유하거나 복사할 수 있습니다.하지만 이 문서의 URL은 참조 URL로 남겨 두십시오.
CC BY-SA 2.5, CC BY-SA 3.0 및 CC BY-SA 4.0에 따라 라이센스가 부여됩니다.
# ,
f = open("gg.txt")
lines = f.readlines()
dict = {}
#if "" :
name = line.split(">")[1]
dict[name] = []
else:
dict[name].append(line)
#
for i in dict.keys():
dict[i] = ''.join(dict[i])
#
for i in dict.keys():
finder = dict[i][-3:]
for j in dict.keys():
if j != i and finder == dict[j][0:3]:
print(i,j)
# ,
f = open("gg.txt")
lines = f.readlines()
dict = {}
#if "" :
name = line.split(">")[1]
dict[name] = []
else:
dict[name].append(line)
#
for i in dict.keys():
dict[i] = ''.join(dict[i])
#
ii = list(dict.values())
kk = []
res = ""
# , ,
length = len(ii[0])
for i in range(length):
strlen = length - i
for j in range(length):
if j + strlen <= length :
kk.append(ii[0][j:j+strlen])
# , , , ,
for i in kk:
tmp =[]
for j in ii:
re = j.find(i)
tmp.append(re)
if -1 not in tmp:
print(i)
break
배열 전체 배열 및 파일로 내보내기 import itertools
iter = itertools.permutation(list)
# ,
pp = str(list).strip('[').strip(']').replace(',','') + "
"
f.write(pp)
이 내용에 흥미가 있습니까?
현재 기사가 여러분의 문제를 해결하지 못하는 경우 AI 엔진은 머신러닝 분석(스마트 모델이 방금 만들어져 부정확한 경우가 있을 수 있음)을 통해 가장 유사한 기사를 추천합니다:
다양한 언어의 JSON
JSON은 Javascript 표기법을 사용하여 데이터 구조를 레이아웃하는 데이터 형식입니다.
그러나 Javascript가 코드에서 이러한 구조를 나타낼 수 있는 유일한 언어는 아닙니다.
저는 일반적으로 '객체'{}...
텍스트를 자유롭게 공유하거나 복사할 수 있습니다.하지만 이 문서의 URL은 참조 URL로 남겨 두십시오.
CC BY-SA 2.5, CC BY-SA 3.0 및 CC BY-SA 4.0에 따라 라이센스가 부여됩니다.
import itertools
iter = itertools.permutation(list)
# ,
pp = str(list).strip('[').strip(']').replace(',','') + "
"
f.write(pp)
이 내용에 흥미가 있습니까?
현재 기사가 여러분의 문제를 해결하지 못하는 경우 AI 엔진은 머신러닝 분석(스마트 모델이 방금 만들어져 부정확한 경우가 있을 수 있음)을 통해 가장 유사한 기사를 추천합니다:
다양한 언어의 JSONJSON은 Javascript 표기법을 사용하여 데이터 구조를 레이아웃하는 데이터 형식입니다. 그러나 Javascript가 코드에서 이러한 구조를 나타낼 수 있는 유일한 언어는 아닙니다. 저는 일반적으로 '객체'{}...
텍스트를 자유롭게 공유하거나 복사할 수 있습니다.하지만 이 문서의 URL은 참조 URL로 남겨 두십시오.
CC BY-SA 2.5, CC BY-SA 3.0 및 CC BY-SA 4.0에 따라 라이센스가 부여됩니다.