perl에서 필요한 파일의 경로를 읽고 파일을 엽니다

다음은 DNA 시퀀스입니다. window 아래 F:\perl\data에 저장됩니다.txt 안쪽:

 
  
AAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGTTTTCCCCCCCC  
  
CCCCCGTCGTAGTAAAGTATGCAGTAGCVG  
  
CCCCCCCCCCGGGGGGGGAAAAAAAAAAAAAAATTTTTTAT  
  
AAACG  
  
 
 

다음은 프로그램입니다.

 
  
#            DNA   ATGC     
   
  
#            0
$count_A=0;
$count_T=0;
$count_C=0;
$count_G=0;
#              
 
  
#                 （ windows             
#f:\\perl\\data.txt
print "please input the Path just like this f:\\\\perl\\\\data.txt
";
chomp($dna_filename=);
#    
open(DNAFILENAME,$dna_filename)||die("can not open the file!");
#         
@DNA=;
 
  
#               ，          
$DNA=join('',@DNA);
$DNA=~s/\s//g;
 
  
# DNA   ，       
@DNA=split('',$DNA);
 
  
#           ，             
foreach $base(@DNA)
{
 if ($base eq 'A')
 {
  $count_A=$count_A+1;
 }
 elsif ($base eq 'T')
 {
  $count_T=$count_T+1;
 }
 elsif ($base eq 'C')
 {
  $count_C=$count_C+1;
 }
 elsif ($base eq 'G')
 {
  $count_G=$count_G+1;
 }
 else
 {
  print "error
"
 }
}
#       
print "A=$count_A
";
print "T=$count_T
";
print "C=$count_C
";
print "G=$count_G
";
 
 

다음은 실행 결과입니다.

 
  
F:\>perl\a.pl 
  
please input the Path just like this f:\\perl\\data.txt 
  
f:\\perl\\data.txt 
  
error 
  
A=40 
  
T=17 
  
C=27 
  
G=24 
   
  
F:\>
 
 

여러분은 아마도 error의 출현을 관찰했을 것입니다. 왜 그런가요?
맨 위에 있는 원시 DNA 서열을 자세히 보시면 특수한 색깔로 표시된 V가 있어서 오류가 출력됩니다.
여기에 DNA 서열을 한 줄로 통합한 다음 모든 공백 문자를 제거한 다음 $DNA를 split 함수를 통해 수조로 만들어 통계를 내는 것이 더 좋은 방법이 없을까요?
사실perl에는 함수,substr가 있습니다.
먼저 이 함수의 사용법을 살펴보자.substr는 하나의 큰 문자열에 대한 조작부호(The substr function works with only a part of a larger string)의 뜻은 긴 문자열을 단편적으로 처리하고 그 중 일부를 취하는 것이다.우리가 이곳에서 사용하는 것이 바로 이 특성이다.
$little_string =substr($large_string,$start_position,$length)
$소부분=substr($대부분, $당신이 캡처할 소부분의 시작 위치, $당신이 캡처할 길이)
우리는 DNA에 있는 각종 알칼리기의 수량을 통계하기 위해 처리할 문자열이 알칼리기이기 때문에 $length를 1로 설정해야 한다.이렇게 해야만 우리의 요구를 만족시킬 수 있다.
수정된 코드는 다음과 같습니다.

 
  
#            DNA   ATGC     
   
  
#            0
$count_A=0;
$count_T=0;
$count_C=0;
$count_G=0;
#              
 
  
#                 （ windows             
#f:\\perl\\data.txt
print "please input the Path just like this f:\\\\perl\\\\data.txt
";
chomp($dna_filename=);
#    
open(DNAFILENAME,$dna_filename)||die("can not open the file!");
#         
@DNA=;
 
  
#               ，          
$DNA=join('',@DNA);
$DNA=~s/\s//g;
 
  

#            ，             
for ($position=0;$position{
 $base=substr($DNA,$position,1);
 if ($base eq 'A')
 {
  $count_A=$count_A+1;
 }
 elsif ($base eq 'T')
 {
  $count_T=$count_T+1;
 }
 elsif ($base eq 'C')
 {
  $count_C=$count_C+1;
 }
 elsif ($base eq 'G')
 {
  $count_G=$count_G+1;
 }
 else
 {
  print "error
"
 }
}
#       
print "A=$count_A
";
print "T=$count_T
";
print "C=$count_C
";
print "G=$count_G
";
 
 

결과는 다음과 같습니다.

 
  
F:\>perl\a.pl 
  
please input the Path just like this f:\\perl\\data.txt 
  
f:\\perl\\data.txt 
  
error 
  
A=40 
  
T=17 
  
C=27 
  
G=24 
   
  
F:\>