공공 갤럭시 서버(미생물 관련)

이 페이지에는 미생물을 분석하는 데 사용할 수 있는 공공 갤럭시 서버Public Galaxy Servers의 일람표가 나와 있다.
Center for Phage Technology (CPT)
아버지의 자동 개편.
genbank/gff 3 형식의 파일 처리 도구가 많이 포함되어 있습니다.

MISSISSIPPI
전자상거래, 메타컴퓨팅, RNA 배열 데이터 분석

Orione
미생물 NGS 분석.
예처리, 매핑, 조립, 인덱스, RNA-Seq, 메타 게놈 분석을 이끈다.

Microbial analysis with Orione

일본어 강좌Orione-live-supplement

RNA-Rocket @ Pathogen Portal
감염증 연구 RNA-Seq 분석 자원.

VectorBase Galaxy
인체 병원체의 무척추 동물 벡터의 참고 정보와 작업 절차.

VirAmp
바이러스 게놈 구성 요소

논문Wan et al. (2015) "VirAmp: a galaxy-based viral genome assembly pipeline."

일본어 강좌VirAmp_Workflows

ARGs-OAP
원 유전자 그룹 항생제 항약성 유전자의 감정

video

논문Yang et al. Bioinformatics. 2016 "ARGs-OAP: online analysis pipeline for antibiotic resistance genes detection from metagenomic data using an integrated structured ARG-database."

BioMaS
환경 미생물 군집의 분류

논문Fosso et al. BMC Bioinformatics. 2015 "BioMaS: a modular pipeline for Bioinformatic analysis of Metagenomic AmpliconS."

BitLAB
원 유전자 그룹 분석

tutorial

논문Pérez-Wohlfeil et al. BMC Genomics. 2016 "Computational workflow for the fine-grained analysis of metagenomic samples."

Huttenhower Lab
원 유전자 그룹 기능성 유전자 그룹 분석

일본어 강좌Huttenhower_Lab_Workflows

MBAC Metabiome Portal
마이크로옴, 신진대사, imunome 데이터(Metabime) 분석

USMI Galaxy Demonstrator
미생물 정보를 집적하다.
프로젝트는 아직 개발 단계에 있다.

NOT PEER-REVIEWED USMI Galaxy Demonstrator (UGD): a collection of tools to integrate microorganisms information [PeerJ Preprints]

VarCap
원핵생물의 변이(SNP, InDel, 구조 다형) 예측.
서버를 사용하려면 로그인해야 합니다.

Tutorial

논문Zojer M et al. PeerJ. 2017 "Variant profiling of evolving prokaryotic populations."