Pthon 대량 처리 pdb 파일dssp 파일 생성

868 단어

# -*- coding: utf-8 -*-
"""
Created on Sat Jun 20 19:36:34 2015

@author: chaofn
"""
import os

"""
         linux /ifs/home/fanchao/Manesh_pdb        (   215   )
   
 pdb    dssp  

"""
#listdir        
fileLine=os.listdir('/ifs/home/fanchao/Manesh_pdb')
#      
for i in range(len(fileLine)-1):
  #         
  input_file='/ifs/home/fanchao/Manesh_pdb/'+fileLine[i]
  #         ,       dssp    
  out_file=fileLine[i].split('.')[0]+'.dssp'
  output_file='/ifs/home/fanchao/Manesh_dssp/'+out_file
  #  :     (  %s,   %   ),             ,     %
  os.system('/ifs/share/lib/dssp/dssp2 -i %s -o %s' %(input_file,output_file))

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