POJ 1080 Human Gene Functions(DP)
dp[i][j]는 a[1]에서 a[i]와 b[1]에서 b[j]까지의 최대 일치도를 나타낸다.
선형 추이, dp[i][j]는 3가지 상황이 있다.
dp[i-1][j-1]+m[i][j];
dp[i][j-1]+d[j];
dp[i-1][j]+d[i];
공백을 두지 않고 위에 공백을 두면 아래에 공백을 두면 m는 행렬을 나타내고 d는 i번째 자모와 공백의 일치값을 나타낸다.
초기화 시 dp[0][0~len1], dp[0~len2][0]를 모두 초기화해야 합니다.
코드:
#include <iostream>
#include <cstdio>
#include <cstring>
using namespace std;
int dp[105][105];
int m[4][4]={
{5,-1,-2,-1},
{-1,5,-3,-2},
{-2,-3,5,-2},
{-1,-2,-2,5},
};
int d[4]={-3,-4,-2,-1};
int hs(char c){
switch(c){
case 'A':return 0;
case 'C':return 1;
case 'G':return 2;
case 'T':return 3;
}
}
char a[105],b[105];
int main(){
int T;
scanf("%d",&T);
while(T--){
int l1,l2;
scanf("%d%s%d%s",&l1,a+1,&l2,b+1);
memset(dp,0,sizeof(dp));
dp[0][0]=0;
for(int i=1;i<=l2;i++){
dp[0][i]=dp[0][i-1]+d[hs(b[i])];
}
for(int i=1;i<=l1;i++){
dp[i][0]=dp[i-1][0]+d[hs(a[i])];
}
for(int i=1;i<=l1;i++){
for(int j=1;j<=l2;j++){
int x=hs(a[i]),y=hs(b[j]);
int tmp=dp[i-1][j-1]+m[x][y];
tmp=max(dp[i-1][j]+d[x],tmp);
tmp=max(dp[i][j-1]+d[y],tmp);
dp[i][j]=tmp;
}
}
printf("%d
",dp[l1][l2]);
}
return 0;
}
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