Linux 고급 명령 조작
(1) 통계 fasta 파일 의 시퀀스 개수
grep ">" a.fasta (2) 자신의 파일 ls -l | grep " " note 만 표시 합 니 다. - i 대소 문자 무시 - v 반 선택, 출력 조건 이 포함 되 지 않 은 줄 - n 결과 가 있 는 줄 - ax 키워드 뒤의 줄 - Bx 키워드 앞 줄2. sed 스 트림 프로세서
(1) fasta 파일 ID 바 꾸 기 a 파일 의 a 헤더 바 꾸 기
sed -e "s/a//g" a #e sed -i # (2) fastq 파일 을 fasta sed -e "0~4d" 1.fastq | sed -e "0~3d" | sed -e "s/@/>/g" > 1.fasta (3) 파일 을 출력 할 수 있 는 임의의 줄 sed -n "1307p" 1.fna # 1307 sed -n "100,500p" 1.fna # 100 500 으로 바 꿉 니 다.3. awk 도구
(1) fastq 형식 을 fasta 형식
awk "{getline seq;getline plus;getline qual;sub("@",">",$0);print $0 "
"seq}" 1.fastq > 1.fasta (2) 데이터 파일 의 고정 열 awk"{print $2}" blast2.out #$2 ， $0 ， (3) 조건 에 따라 출력 awk "{if($3>=80 && $4 >=100)print$0}" blast1.out awk "{if($3>=80 && $4 >=100)print$0}" blast1.out | sort -n -k1 | uniq | wc 을 걸 러 냅 니 다.
이 내용에 흥미가 있습니까?
현재 기사가 여러분의 문제를 해결하지 못하는 경우 AI 엔진은 머신러닝 분석(스마트 모델이 방금 만들어져 부정확한 경우가 있을 수 있음)을 통해 가장 유사한 기사를 추천합니다:
다양한 언어의 JSONJSON은 Javascript 표기법을 사용하여 데이터 구조를 레이아웃하는 데이터 형식입니다. 그러나 Javascript가 코드에서 이러한 구조를 나타낼 수 있는 유일한 언어는 아닙니다. 저는 일반적으로 '객체'{}...
텍스트를 자유롭게 공유하거나 복사할 수 있습니다.하지만 이 문서의 URL은 참조 URL로 남겨 두십시오.
CC BY-SA 2.5, CC BY-SA 3.0 및 CC BY-SA 4.0에 따라 라이센스가 부여됩니다.
좋은 웹페이지 즐겨찾기
