qiime 2 + biom + qiime 1 16S 종의 풍 도 를 획득

우 리 는 16S 등 증대 서브 측정 서 든 매크로 게놈 이 든 마지막 으로 가장 중요 한 결 과 는 바로 종의 풍부 한 상황 이라는 것 을 알 고 있다. qiime 2 가 제시 한 16S 풍부 도 결 과 는 하나의 계수 이 고 많은 소프트웨어 에 있어 서 이것 은 사용 할 수 있다. 그러면 우리 가 직접 연결 하 는 백분율 데 이 터 를 얻 으 려 면 어떻게 해 야 합 니까?
물론 셸, R, python 스 크 립 트 를 사용 하거나 좀 더 간단 하고 거 칠 게, 엑셀 해결, 투시 표, 공식, 매크로 등 여러 가지 방법 이 있 습 니 다.스스로 바퀴 를 만 드 는 것 은 늘 그다지 성실 하지 않다 고 생각 하고, 실 수 를 하면 어떻게 합 니까?그러면 기 존의 소프트웨어 는 어떤 것 이 있 습 니까? 여기 서 저 는 벽돌 을 던 져 옥 을 끌 어 올 리 고 곡선 으로 나 라 를 구 하 는 방법 을 제시 합 니 다. qiime 2 의 전 직 qiime 1 로 해결 하고 몇 단계 만 처리 하면 됩 니 다.만약 당신 이 더 좋 은 방법 이 있다 면, 교류 와 추천 을 환영 합 니 다. 우리 가 공동으로 공부 하 는 발전!
여기 서 저 는 qiime 2 에서 얻 은 결과 부터 바로 시작 하여 생 신 채 새 단 대신 의 트 윗 을 참 고 했 습 니 다. 이 대신 의 튜 토리 얼 은 전면적 인 것 으로 유명 합 니 다. 공 부 를 추천 합 니 다!
1. 종 분류 정보 와 신뢰 도 내 보 내기
taxonomy. tsv 를 가 져 옵 니 다. 이 파일 은 사실 qza 파일 을 zip 압축 해제 또는 qzv 시각 화 파일 로 내 보 냅 니 다. 가 져 온 파일 도 같 아야 합 니 다.

qiime tools export \
   --input-path taxa/taxonmony.qza --output-path taxa

파일 은 다음 과 같 습 니 다:
Feature ID
Taxon
Confidence
#q2:types
categorical
categorical
OTU_1
k__Bacteria; p__Actinobacteria; c__Actinobacteria; o__Actinomycetales; f__; g__; s__
0.8316610949745203
2. BIOM 표 내 보 내기 및 종 분류 설명 정보 추가:
이 단 계 는 다음 표 두 를 처리 하여 biom 형식 을 호 환 하 게 하 는 것 이다.이 sed 는 mac 에서 명령 을 내 려 서 사용 할 수 없습니다. 어떤 이유 인지 모 르 겠 습 니 다. 저 는 docker - ubuntu 로 해결 하 였 습 니 다.

#    
sed -i -e '1 s/Feature/#Feature/' -e '1 s/Taxon/taxonomy/' taxa/taxonomy.tsv
#  otu(feature) 
qiime tools export \
   --input-path deblur_output/table_final.qza \
   --output-path table_exported
#        
biom add-metadata \
   -i deblur_output_exported/feature-table.biom \
   -o deblur_output_exported/feature-table_w_tax.biom \
   --observation-metadata-fp taxa/taxonomy.tsv \
   --sc-separated taxonomy
#biom   txt  
biom convert \
   -i deblur_output_exported/feature-table_w_tax.biom \
   -o deblur_output_exported/feature-table_w_tax.txt \
   --to-tsv \
   --header-key taxonomy

3. qiime 1 이익 각급 분류 결과
사실은 biom 형식 만 있 으 면 됩 니 다. 유일 하 게 부족 한 것 은 위의 몇 등급 의 분 류 를 제거 하지 않 았 습 니 다. 예 를 들 어 등급 에 속 하고 강 목 과 도 포함 되 어 있 습 니 다. usearch 와 같은 직접적인 분류 결과 가 아 닙 니 다.그러나 내 경험 에 따 르 면 usearch 의 종 주석 결 과 는 qiime 2 의 분류 효과 보다 좋 지 않 을 수 있 기 때문에 이 두 가지 방법 을 어떻게 결합 하 느 냐 가 해결 해 야 할 문제 이다.

#    、 、 、 、           ，     L2-L6
summarize_taxa.py -i result/otu_table3.biom -o result/sum_taxa # summary each level percentage

좋 습 니 다. 제 공 유 는 여기까지 입 니 다. 더 좋 은 해결 방안 이 있 기 를 기대 합 니 다.