공공 갤럭시 서버(미생물 이외)

저번는 미생물 관련 공공 갤럭시 서버를 소개했다.이번에는 다른 공공 갤럭시 서버의 일부(중복 배열, 화학, 융합 복사물, 코돈, 시스템 해석, RDF 관련)를 소개한다.
RepeatExplorer
진핵생물 NGS 데이터의 중복 배열 검사

Chemical Annotation Retrieval Toolkit (CART)
화학물질 연구

ChimeRScope
배열(RNA-seq) 데이터의 융합 유전자 검출

논문Li Y et al. Nucleic Acids Res. 2017 "ChimeRScope: a novel alignment-free algorithm for fusion transcript prediction using paired-end RNA-Seq data."

Fusion Gene Analysis | 주식회사 이연Genesis

Fusion Gene 분석 | 타라바이오 주식회사

Codon Harmonizer
이종 유전자를 발견하기 위한 고든의 변화

논문Claassens NJ et al. PLoS One. 2017 "Improving heterologous membrane protein production in Escherichia coli by combining transcriptional tuning and codon usage algorithms."

kmer-SVM
지원 벡터 머신(SVM) 사용

K-mer counting에 대한 노트. - Qita.

MGEScan
진핵생물 유전자 그룹 배열 중 확인 LTR(Long terminal repeat)

Osiris
시스템 분석

논문Oakley TH et al. BMC Bioinformatics. 2014 "Osiris: accessible and reproducible phylogenetic and phylogenomic analyses within the Galaxy workflow management system."

PIA
시스템 분석

논문Speiser DI et al. BMC Bioinformatics. 2014 "Using phylogenetically-informed annotation (PIA) to search for light-interacting genes in transcriptomes from non-model organisms."

RDF2Graph
RDF2Graph recovers the structure of an RDF resource.