위치에 따라 gff에서gene 추출
Table of Contents
1:
2 절차
1: use strict;
2: use warnings;
3:
4: my (@information,$chr,%hash,$key1,$key2,);
5:
6: # gff hash
7:
8: my $in_in = "saccharomyces_cerevisiae_R64-1-1_20110208.gff";
9: open my $in, '<', $in_in or die "cannot open
";
10: while(<$in>)
11: {
12: chomp;
13: next if /^#/;
14: @information=split/\s+/,$_;
15: if ($information[2] eq "gene")
16: {
17: $information[0]=~/^chr(.+)/;
18: $chr=$1;
19: $information[8]=~/^ID=(.+?);/;
20: $hash{$chr}{$information[3]}{$information[4]} = $1;
21: }
22: }
23: close $in;
24:
25:
26: my $out_out = "pos_with_gene.txt";
27: open my $out, '>', $out_out or die "failed open$!
";
28: # ,
29:
30: my $in1_in = "pos_to_find_gen.txt";
31: open my $in1, '<', $in1_in or die "cannot open
";
32: while(<$in1>)
33: {
34: chomp;
35: next if /^\s+$/;
36: @information=split/\s+/,$_;
37: foreach $key1 (sort keys %{$hash{$information[0]}})
38: {
39: foreach $key2 (sort keys %{$hash{$information[0]}{$key1}})
40: {
41: if ($information[1]>=$key1 and $information[1]<=$key2)
42: {
43: print $out "@information[0,1] $hash{$information[0]}{$key1}{$key2}
";
44: last;
45: }
46: else
47: {
48: next;
49: }
50: }
51: }
52: }
53: close $in1;
54: close $out;
Author: grc
Date: 2013-06-29 22:50:30 CST
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