Linux 에서 자주 사용 하 는 명령 및 정규 표현 식 - The learning notes of the biostar handbook (2)

Linux 에서 자주 사용 하 는 명령
디 렉 터 리 조작 명령

ls 디 렉 터 리 파일 표시

ls - al - a 는 디 렉 터 리 의 내용 을 보지 않 고 디 렉 터 리 자체 의 정 보 를 표시 합 니 다. - i 디 스 플레이 파일 i nodes

mkdir 디 렉 터 리 생 성 명령

mkdir - p ~ / abc / def 디 렉 터 리 abc 및 하위 디 렉 터 리 def - p 재 귀적 생 성, 여러 디 렉 터 리 를 동시에 재 귀적 으로 생 성 할 수 있 습 니 다.

cd 변환 대상 디 렉 터 리 진입

cd ~ 대표 님 집 디 렉 터 리 cd... 이전 디 렉 터 리 로 돌아 가기

rmdir 빈 디 렉 터 리 삭제

rmdir [dir] 대상 디 렉 터 리 는 빈 디 렉 터 리 여야 삭제 할 수 있 습 니 다. 그렇지 않 으 면 rm - r [dir] 를 잘못 보고 하여 디 렉 터 리 를 삭제 합 니 다. (빈 디 렉 터 리 와 비 빈 디 렉 터 리 포함)

pwd 출력 현재 디 렉 터 리

pwd
파일 조작 명령

cp 파일 이나 디 렉 터 리 복사 명령;복사 와 함께 파일 이름 수정 지원 cp [ ] [ ]

- r 디 렉 터 리 복사 - p 파일 속성 유지

mv 파일 잘라 내기, 이름 바 꾸 기 mv [ ] [ ]

rm 파일 이나 디 렉 터 리 삭제

- r 디 렉 터 리 삭제 - f 강제 실행

touch 에서 빈 파일 만 들 기 touch filename

cat 파일 내용 표시 (파일 분할 보기 에 적합 하지 않 음) cat filename

줄 번호

더 많은 페이지 에 파일 내용 표시 more filename

head 파일 내용 의 첫 줄 표시

- n 줄 수 정 하기 (기본 디 스 플레이 헤드 10 줄)
압축 및 압축 풀기 명령

. gz Linux 에서 가장 자주 사용 하 는 압축 형식 명령: gzip (압축), gunzip | gzip - d (압축 풀기)

압축 후 원본 파일 을 저장 하지 않 음

tar Linux 의 압축 명령 은 디 렉 터 리 를 압축 할 수 없고 하나의 파일 만 압축 할 수 있 습 니 다. 디 렉 터 리 를 압축 하려 면 디 렉 터 리 를 먼저 포장 해 야 합 니 다 tar [ ] [ ]

일반적으로 우리 가 다운로드 한 파일 이나 패키지 파일 이름 은 대부분. tar. gz 로 끝 납 니 다. 압축 을 푸 는 명령 은 tar -zxvf filename 압축 하여 생 성 할 수 있 습 니 다. tar. gz 의 파일 은 tar -cxvf filename.tar.gz filename - c: 압축 파일 만 들 기 - x: 압축 해제 - t: 내용 보기 - r: 압축 파일 끝 에 파일 추가 - u: 원래 압축 파일 의 파일 을 업데이트 하 는 것 은 독립 된 명령 입 니 다.압축 해 압 은 모두 그 중 하 나 를 사용 해 야 하 며, 다른 명령 과 연결 할 수 있 지만, 그 중 하나만 사용 할 수 있다.아래 의 매개 변 수 는 필요 에 따라 파일 을 압축 하거나 압축 을 풀 때 선택 할 수 있 습 니 다. -z: gzip 속성 이 있 는 - j: bz2 속성 이 있 는 - Z: copress 속성 이 있 는 - v: 모든 과정 표시 - O: 파일 을 표준 출력 으로 풀 고 tar. bz2 끝 에 있 는 파일 이 라면 명령 으로 압축 풀기 tar -xjvf filename.tar.bz2 압축 명령 tar -cjf filename.tar.bz2"|" 파이프 문자
이전 명령 의 표준 출력 결 과 를 다음 명령 의 표준 으로 입력 합 니 다.
실례 시범
디 렉 터 리 만 들 기 ~ / biostarhandbook / lec 03 mldir -p ~/biostarhandbook/lec03 디 렉 터 리 에 들 어가 기 cd biostarhandbook/lec03 파일 다운로드: SGDfeatures. tab 및 SGDfeatures.README

wget https://downloads.yeastgenome.org/curation/chromosomal_feature/SGD_features.tab
wget https://downloads.yeastgenome.org/curation/chromosomal_feature/SGD_features.README

디 렉 터 리 아래 파일 보기 ls -l총 사용량 3192
- rw - rw - r -- 1 * * * * 1557 11 월 19 2014 SGDfeatures. README - rw - rw - r -- 1 * * * * * 3264490 1 월 14 2017 SGDfeatures.tab
현재 있 는 디 렉 터 리 보이 기 pwd 두 파일 을 압축 하여 gz 형식 으로 압축 합 니 다.

cd ..
tar -czvf lec03.tar.gz lec03
ls
# lec03  lec03.tar.gz

압축 풀기 tar -xzvf lec03.tar.gz SGD 보기features. tab more SGD_features.tab cat 명령 으로 파일 보기 cat SGD_features.tab wc 명령 으로 SGD 보기features. tab 파일 의 줄 수, 글자 수, 문자 수 cat SGD_features.tab | wccat 명령 의 표준 출력 을 wc 의 표준 입력 으로 16454 425719 3264490
줄 만 보면 cat SGD_features.tab | wc -l16454
파일 의 머리 10 줄 보기 cat SGD_features.tab | headgrep 와 정규 표현 식
grep 를 초보 적 으로 배 운 후에 grep 는 우리 가 자주 사용 하 는 텍스트 프로그램 에서 의 검색 과 교체 도구 와 유사 하고 강력 한 정규 표현 식 을 지원 하기 때문에 grep 의 기능 이 매우 강해 집 니 다.
grep
grep 는 일치 하 는 패턴 의 내용 을 표준 으로 입력 하 는 파일 을 필터 합 니 다. 강력 한 텍스트 검색 도구 입 니 다. 정규 표현 식 으로 텍스트 를 검색 하고 일치 하 는 줄 을 인쇄 할 수 있 습 니 다.구체 적 인 매개 변 수 는 man grep 볼 수 있 습 니 다.
실례 시범
SGD 찾기features. tab 파일 이 "YAL 060 W" 줄 과 일치 합 니 다 cat SGD_features.tab | grep YAL060Wgrep - i pattern files: 대소 문 자 를 구분 하지 않 고 검색 합 니 다.기본 상황 구분 대소 문자, grep - l pattern files: 일치 하 는 파일 이름 만 표시 합 니 다. grep - L pattern files: 일치 하지 않 는 파일 이름 을 표시 합 니 다. grep - w pattern files: 문자열 의 일부분 이 아 닌 전체 단어 만 일치 합 니 다 (예 를 들 어 'magical' 이 아 닌 'magic' 과 일치 합 니 다). grep - C number pattern files: 일치 하 는 컨 텍스트 는 각각 [number] 줄 을 표시 합 니 다.grep pattern 1 | pattern 2 files: pattern 1 또는 pattern 2 와 일치 하 는 줄 을 표시 합 니 다. grep pattern 1 files | grep pattern 2: pattern 1 과 일치 하 는 줄 을 표시 합 니 다.grep - n pattern files 는 줄 번호 정 보 를 표시 합 니 다 grep - c pattern files 는 총 줄 수 grep - v pattern files 에서 일치 하 는 항목 이 없 는 줄 을 찾 을 수 있 습 니 다.
Dubious 가 포함 되 지 않 은 총 줄 수 보기 cat SGD_features.tab | grep -v Dubious | wc -l15737
입 출력
Linux 의 표준 입 출력
설비.
장치 파일 이름
파일 설명자
유형
건반
/dev/stdin
0
표준 입력
모니터
/dev/stdout
1
표준 출력
모니터
/dev/stderr
2
표준 오류 출력
출력 방향 변경
유형
기호.
역할.
표준 출력 재 설정
명령 > 파일
덮어 쓰 는 방식 으로
명령 > > 파일
추가 적 인 방식 으로
표준 오류 출력 방향 변경
오류 명령 2 > 파일
덮어 쓰 는 방식 으로
오류 명령 2 > > 파일
덮어 쓰 는 방식 으로
실례 시범
일치 하 는 줄 을 파일 로 출력 하 는 방법 입 니 다.grep 명령 의 기본 표준 출력 디 스 플레이, 즉 / dev / stdout 입 니 다. 파일 로 저장 하려 면 출력 을 다시 설정 해 야 합 니 다 > cat SGD_features.tab | grep YAL060W > match.tab lsmatch.tab SGD_features.README SGD_features.tab
match. tab 보기 more match.tabgene 와 일치 하 는 줄 수 보기 cat SGD_features.tab | grep gene | wc -l2093
cut 명령 을 이용 하여 두 번 째 열 에 있 는 ORF 와 일치 하 는 줄 을 캡 처 하고 두 번 째 열의 머리 10 줄 을 먼저 봅 니 다 cat SGD_features.tab | cut -f 2 | head- d: 필드 구분자 지정, 기본 값 은 탭 문자 - f: 표시 할 필드 - f1 지정: 첫 번 째 필드 표시 - f 1, 3 첫 번 째 와 세 번 째 - f 1 - 3 첫 번 째 부터 세 번 째 - b: 바이트 수 - c: 문자 캡 처cat SGD_features.tab | cut -f 2 | grep ORF | head 일치 하 는 총 줄 수 cat SGD_features.tab | cut -f 2 | grep ORF | wc -l 를 확인 하 는 동시에 여러 열 cat SGD_features.tab | cut -f 2,3,4 | grep ORF | head 을 캡 처 하여 Dubious 가 함 유 된 줄 cat SGD_features.tab | cut -f 2,3,4 | grep ORF | grep -v Dubious | wc -l 을 제거 합 니 다.

cat SGD_features.tab | awk '{print $2}' | grep ORF | head
cat SGD_features.tab | awk '{print $2,$3,$4}' | grep ORF | head

두 번 째 열 을 type. txt 파일 cat SGD_features.tab | cut -f 2 > type.txt 로 캡 처 하여 type. txt 항목 을 연속 정렬 하고 첫 번 째 10 개 cat type.txt | sort | head 를 찾 아 같은 항목 을 1 개 cat type.txt | sort |uniq | head 로 표시 합 니 다. 중복 항목 의 개 수 를 표시 합 니 다 cat type.txt | sort | uniq -c | head 표시 항목 의 종류 cat type.txt | sort | uniq -c | wc -l정규 표현 식
bash 의 정규 표현 식 은 기본 정규 표현 식 과 확장 정규 표현 식 을 포함 하여 원 하 는 문자열 과 일치 합 니 다.기본 정규 표현 식:
기호.
묘사 하 다.
.
줄 바 꿈 자 를 제외 한 단일 문자 와 일치 합 니 다.
^
앞 문자열 의 시작 과 일치 합 니 다.
$
앞 글자 의 끝 과 일치 합 니 다.
*
이전 문자 와 일치 하 는 0 개 이상
[]
괄호 안에 있 는 임의의 문자 와 일치 합 니 다.
[a-z][0-9][A-Z]
범위 내의 임의의 문자 와 일치 합 니 다.
[^]
괄호 안에 있 는 문 자 를 제외 한 문자 와 일치 합 니 다.
{n}{n,}
괄호 앞 문자 와 일치 하 는 문자 최소 n 글자
{n,m}
괄호 앞 문자 와 일치 하 는 문자 최소 n 글자, 최대 m 글자
<
경계 문자, 일치 하 는 문자열 시작
>
경계 문자
정규 표현 식 확장:
기호.
묘사 하 다.
+
이전 문자 와 일치 하 는 1 개 이상
?
이전 문자 와 일치 하 는 0 개 이상
|
혹시
()
단원 또는 조합
sed 및 awk
아직 공부 하고 있 습 니 다. 이해 하기 어 려 울 것 같 습 니 다. 특히 awk 는 정말 프로 그래 밍 언어 입 니 다.나중에 완 선 될 때 까지 기 다 려 라.