python 통계sam 파일의 비교 정보
from collections import Counter
Fileout = open('unique.sam','r')
Filein = open('unique_static.txt','w')
dic, arr = {}, []
for line in Fileout.readlines():
if len(line.split()) >3 :
arr.append(len(str(line.split('\t')[9])))
if not line:
break
dic = Counter(arr)for k,v in dic.iteritems():
print>>Filein, k, ',', v
위의 프로그램은 프로세스를 처리할 수 없습니다.python의sys를 호출하여 프로세스를 실현할 수 있습니다.
samtools view *.sam | grep "\bNH:i:1\b" | python pyproj.py
#grep unique ， python
import sys
from collections import Counter
lines = sys.stdin.readlines()
dic, arr = {}, []
for line in lines:
if len(line.split()) >9 :# >12
arr.append(len(str(line.split('\t')[9])))
dic = Counter(arr)
for k,v in dic.iteritems():
print k, ',', v
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