2.1.2 이미지, 3 차원 볼륨 데이터, 의료 이미지 (DICOM/NIfTI) 표시
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MATLAB에 의한 화상 처리 · 컴퓨터 비전 입문 목차
개요
MATLAB은 이미지 표시에 유용한 여러 기능을 제공합니다.
MATLAB은 이미지 표시에 유용한 여러 기능을 제공합니다.
imshow
) imshowpair
) montage
) imtool
) volumeViewer
) dicomBrowser
) sliceViewer
) orthosliceViewer
) 표시 대상에 맞는 적절한 도구를 활용하세요.
대응 파일
이미지 표시 (imshow)
이미지 표시는 imshow 함수에서 사용할 수 있습니다.
codeA=imread('peppers.png');
imshow(A);
두 개의 이미지를 나란히 표시 ( imshowpair )
두 개의 이미지를 나란히 손으로 표시할 수 있습니다.
codeB=imread('street1.jpg');
imshowpair(A,B,'montage');
두 개의 이미지를 겹쳐서 표시할 수도 있습니다.
codeimshowpair(A,B);
몽타주 디스플레이
codeload mri; % MATファイルから、データの読込み
montage(D,map);truesize;shg % モンタージュ表示
이미지 뷰어: 다양한 조사 도구
codeimtool(A) % 画像ビューアー アプリケーション
이미지 브라우저:폴더내의 다양한 사이즈・데이터형의 화상을 일람 표시
codeimageBrowser(fullfile(matlabroot,'toolbox','images','imdata'));
볼륨 뷰어
codeload mri % 128x128x1x27 画像の取込み
D1 = squeeze(D); % 128x128x27 27枚のスライス画像
volumeViewer(D1) % ボリュームビューワーの起動
% ボリュームの読込み
% 立方体にアップサンプリング
% 表示: ボリューム <=> スライス平面
텍스처 매핑
codeload clown % MATファイルから、画像データ'X'の読込み
figure;imshow(X,map); % 画像表示
code[x,y,z]=cylinder; % 円柱座標生成
figure;mesh(x,y,z,'edgecolor',[0 0 0]);axis square; %座標表示
codewarp(x,y,z,flipud(X),map);axis square;shg %テクスチャマッピング
DICOM 브라우저로 파일 확인
codedicomBrowser(fullfile(matlabroot,'toolbox','images','imdata'))
슬라이스 뷰어
codesliceViewer(D1);
오르토 슬라이스 뷰어
codeorthosliceViewer(D1);
임의의 절단면 작성 및 시각화
codepoint = [73 50 15.5]; % 切断平面上の点
normal = [0 15 20]; % 法線ベクトル
[B,x,y,z] = obliqueslice(D1,point,normal);
figure;
surf(x,y,z,B,'EdgeColor','None');
DICOM-RT 로딩 및 시각화
codeinfo = dicominfo('rtstruct.dcm')
outputinfo =
Filename: 'C:\Program Files\MATLAB\R2020a\toolbox\images\imdata\rtstruct.dcm'
FileModDate: '03-6-2019 13:27:31'
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Modality: 'RTSTRUCT'
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ReferringPhysicianName: [1x1 struct]
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ManufacturerModelName: 'MATLAB'
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PatientBirthDate: ''
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StudyID: ''
SeriesNumber: []
InstanceNumber: []
StructureSetLabel: ''
StructureSetName: ''
StructureSetDate: ''
StructureSetTime: ''
ReferencedFrameOfReferenceSequence: [1x1 struct]
StructureSetROISequence: [1x1 struct]
ROIContourSequence: [1x1 struct]
RTROIObservationsSequence: [1x1 struct]
ROI 정보 추출
codecontour = dicomContours(info)
outputcontour =
dicomContours のプロパティ:
ROIs: [2x5 table]
시각화
codefigure;
plotContour(contour);
참고
A=imread('peppers.png');
imshow(A);
두 개의 이미지를 나란히 손으로 표시할 수 있습니다.
code
B=imread('street1.jpg');
imshowpair(A,B,'montage');
두 개의 이미지를 겹쳐서 표시할 수도 있습니다.
code
imshowpair(A,B);
몽타주 디스플레이
codeload mri; % MATファイルから、データの読込み
montage(D,map);truesize;shg % モンタージュ表示
이미지 뷰어: 다양한 조사 도구
codeimtool(A) % 画像ビューアー アプリケーション
이미지 브라우저:폴더내의 다양한 사이즈・데이터형의 화상을 일람 표시
codeimageBrowser(fullfile(matlabroot,'toolbox','images','imdata'));
볼륨 뷰어
codeload mri % 128x128x1x27 画像の取込み
D1 = squeeze(D); % 128x128x27 27枚のスライス画像
volumeViewer(D1) % ボリュームビューワーの起動
% ボリュームの読込み
% 立方体にアップサンプリング
% 表示: ボリューム <=> スライス平面
텍스처 매핑
codeload clown % MATファイルから、画像データ'X'の読込み
figure;imshow(X,map); % 画像表示
code[x,y,z]=cylinder; % 円柱座標生成
figure;mesh(x,y,z,'edgecolor',[0 0 0]);axis square; %座標表示
codewarp(x,y,z,flipud(X),map);axis square;shg %テクスチャマッピング
DICOM 브라우저로 파일 확인
codedicomBrowser(fullfile(matlabroot,'toolbox','images','imdata'))
슬라이스 뷰어
codesliceViewer(D1);
오르토 슬라이스 뷰어
codeorthosliceViewer(D1);
임의의 절단면 작성 및 시각화
codepoint = [73 50 15.5]; % 切断平面上の点
normal = [0 15 20]; % 法線ベクトル
[B,x,y,z] = obliqueslice(D1,point,normal);
figure;
surf(x,y,z,B,'EdgeColor','None');
DICOM-RT 로딩 및 시각화
codeinfo = dicominfo('rtstruct.dcm')
outputinfo =
Filename: 'C:\Program Files\MATLAB\R2020a\toolbox\images\imdata\rtstruct.dcm'
FileModDate: '03-6-2019 13:27:31'
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FileMetaInformationVersion: [2x1 uint8]
MediaStorageSOPClassUID: '1.2.840.10008.5.1.4.1.1.481.3'
MediaStorageSOPInstanceUID: '1.3.6.1.4.1.9590.100.1.2.19011082236500333523568627692152273876'
TransferSyntaxUID: '1.2.840.10008.1.2.1'
ImplementationClassUID: '1.3.6.1.4.1.9590.100.1.3.100.9.4'
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ManufacturerModelName: 'MATLAB'
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PatientBirthDate: ''
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StudyID: ''
SeriesNumber: []
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StructureSetLabel: ''
StructureSetName: ''
StructureSetDate: ''
StructureSetTime: ''
ReferencedFrameOfReferenceSequence: [1x1 struct]
StructureSetROISequence: [1x1 struct]
ROIContourSequence: [1x1 struct]
RTROIObservationsSequence: [1x1 struct]
ROI 정보 추출
codecontour = dicomContours(info)
outputcontour =
dicomContours のプロパティ:
ROIs: [2x5 table]
시각화
codefigure;
plotContour(contour);
참고
load mri; % MATファイルから、データの読込み
montage(D,map);truesize;shg % モンタージュ表示
code
imtool(A) % 画像ビューアー アプリケーション
이미지 브라우저:폴더내의 다양한 사이즈・데이터형의 화상을 일람 표시
codeimageBrowser(fullfile(matlabroot,'toolbox','images','imdata'));
볼륨 뷰어
codeload mri % 128x128x1x27 画像の取込み
D1 = squeeze(D); % 128x128x27 27枚のスライス画像
volumeViewer(D1) % ボリュームビューワーの起動
% ボリュームの読込み
% 立方体にアップサンプリング
% 表示: ボリューム <=> スライス平面
텍스처 매핑
codeload clown % MATファイルから、画像データ'X'の読込み
figure;imshow(X,map); % 画像表示
code[x,y,z]=cylinder; % 円柱座標生成
figure;mesh(x,y,z,'edgecolor',[0 0 0]);axis square; %座標表示
codewarp(x,y,z,flipud(X),map);axis square;shg %テクスチャマッピング
DICOM 브라우저로 파일 확인
codedicomBrowser(fullfile(matlabroot,'toolbox','images','imdata'))
슬라이스 뷰어
codesliceViewer(D1);
오르토 슬라이스 뷰어
codeorthosliceViewer(D1);
임의의 절단면 작성 및 시각화
codepoint = [73 50 15.5]; % 切断平面上の点
normal = [0 15 20]; % 法線ベクトル
[B,x,y,z] = obliqueslice(D1,point,normal);
figure;
surf(x,y,z,B,'EdgeColor','None');
DICOM-RT 로딩 및 시각화
codeinfo = dicominfo('rtstruct.dcm')
outputinfo =
Filename: 'C:\Program Files\MATLAB\R2020a\toolbox\images\imdata\rtstruct.dcm'
FileModDate: '03-6-2019 13:27:31'
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FileMetaInformationVersion: [2x1 uint8]
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TransferSyntaxUID: '1.2.840.10008.1.2.1'
ImplementationClassUID: '1.3.6.1.4.1.9590.100.1.3.100.9.4'
ImplementationVersionName: 'MATLAB IPT 9.4'
SOPClassUID: '1.2.840.10008.5.1.4.1.1.481.3'
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Modality: 'RTSTRUCT'
Manufacturer: 'MathWorks'
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ReferringPhysicianName: [1x1 struct]
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ManufacturerModelName: 'MATLAB'
PatientName: [1x1 struct]
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ReferencedFrameOfReferenceSequence: [1x1 struct]
StructureSetROISequence: [1x1 struct]
ROIContourSequence: [1x1 struct]
RTROIObservationsSequence: [1x1 struct]
ROI 정보 추출
codecontour = dicomContours(info)
outputcontour =
dicomContours のプロパティ:
ROIs: [2x5 table]
시각화
codefigure;
plotContour(contour);
참고
imageBrowser(fullfile(matlabroot,'toolbox','images','imdata'));
code
load mri % 128x128x1x27 画像の取込み
D1 = squeeze(D); % 128x128x27 27枚のスライス画像
volumeViewer(D1) % ボリュームビューワーの起動
% ボリュームの読込み
% 立方体にアップサンプリング
% 表示: ボリューム <=> スライス平面
텍스처 매핑
codeload clown % MATファイルから、画像データ'X'の読込み
figure;imshow(X,map); % 画像表示
code[x,y,z]=cylinder; % 円柱座標生成
figure;mesh(x,y,z,'edgecolor',[0 0 0]);axis square; %座標表示
codewarp(x,y,z,flipud(X),map);axis square;shg %テクスチャマッピング
DICOM 브라우저로 파일 확인
codedicomBrowser(fullfile(matlabroot,'toolbox','images','imdata'))
슬라이스 뷰어
codesliceViewer(D1);
오르토 슬라이스 뷰어
codeorthosliceViewer(D1);
임의의 절단면 작성 및 시각화
codepoint = [73 50 15.5]; % 切断平面上の点
normal = [0 15 20]; % 法線ベクトル
[B,x,y,z] = obliqueslice(D1,point,normal);
figure;
surf(x,y,z,B,'EdgeColor','None');
DICOM-RT 로딩 및 시각화
codeinfo = dicominfo('rtstruct.dcm')
outputinfo =
Filename: 'C:\Program Files\MATLAB\R2020a\toolbox\images\imdata\rtstruct.dcm'
FileModDate: '03-6-2019 13:27:31'
FileSize: 1910148
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StudyID: ''
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StructureSetDate: ''
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ReferencedFrameOfReferenceSequence: [1x1 struct]
StructureSetROISequence: [1x1 struct]
ROIContourSequence: [1x1 struct]
RTROIObservationsSequence: [1x1 struct]
ROI 정보 추출
codecontour = dicomContours(info)
outputcontour =
dicomContours のプロパティ:
ROIs: [2x5 table]
시각화
codefigure;
plotContour(contour);
참고
load clown % MATファイルから、画像データ'X'の読込み
figure;imshow(X,map); % 画像表示
[x,y,z]=cylinder; % 円柱座標生成
figure;mesh(x,y,z,'edgecolor',[0 0 0]);axis square; %座標表示
warp(x,y,z,flipud(X),map);axis square;shg %テクスチャマッピング
code
dicomBrowser(fullfile(matlabroot,'toolbox','images','imdata'))
슬라이스 뷰어
codesliceViewer(D1);
오르토 슬라이스 뷰어
codeorthosliceViewer(D1);
임의의 절단면 작성 및 시각화
codepoint = [73 50 15.5]; % 切断平面上の点
normal = [0 15 20]; % 法線ベクトル
[B,x,y,z] = obliqueslice(D1,point,normal);
figure;
surf(x,y,z,B,'EdgeColor','None');
DICOM-RT 로딩 및 시각화
codeinfo = dicominfo('rtstruct.dcm')
outputinfo =
Filename: 'C:\Program Files\MATLAB\R2020a\toolbox\images\imdata\rtstruct.dcm'
FileModDate: '03-6-2019 13:27:31'
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SOPClassUID: '1.2.840.10008.5.1.4.1.1.481.3'
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StudyTime: ''
AccessionNumber: ''
Modality: 'RTSTRUCT'
Manufacturer: 'MathWorks'
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ReferringPhysicianName: [1x1 struct]
StationName: ''
SeriesDescription: ''
ManufacturerModelName: 'MATLAB'
PatientName: [1x1 struct]
PatientID: ''
PatientBirthDate: ''
PatientSex: ''
StudyInstanceUID: '1.2.826.0.1.3680043.8.274.1.1.2729954696.96242.3632970675.507'
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SeriesNumber: []
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ReferencedFrameOfReferenceSequence: [1x1 struct]
StructureSetROISequence: [1x1 struct]
ROIContourSequence: [1x1 struct]
RTROIObservationsSequence: [1x1 struct]
ROI 정보 추출
codecontour = dicomContours(info)
outputcontour =
dicomContours のプロパティ:
ROIs: [2x5 table]
시각화
codefigure;
plotContour(contour);
참고
sliceViewer(D1);
code
orthosliceViewer(D1);
임의의 절단면 작성 및 시각화
codepoint = [73 50 15.5]; % 切断平面上の点
normal = [0 15 20]; % 法線ベクトル
[B,x,y,z] = obliqueslice(D1,point,normal);
figure;
surf(x,y,z,B,'EdgeColor','None');
DICOM-RT 로딩 및 시각화
codeinfo = dicominfo('rtstruct.dcm')
outputinfo =
Filename: 'C:\Program Files\MATLAB\R2020a\toolbox\images\imdata\rtstruct.dcm'
FileModDate: '03-6-2019 13:27:31'
FileSize: 1910148
Format: 'DICOM'
FormatVersion: 3
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MediaStorageSOPInstanceUID: '1.3.6.1.4.1.9590.100.1.2.19011082236500333523568627692152273876'
TransferSyntaxUID: '1.2.840.10008.1.2.1'
ImplementationClassUID: '1.3.6.1.4.1.9590.100.1.3.100.9.4'
ImplementationVersionName: 'MATLAB IPT 9.4'
SOPClassUID: '1.2.840.10008.5.1.4.1.1.481.3'
SOPInstanceUID: '1.3.6.1.4.1.9590.100.1.2.19011082236500333523568627692152273876'
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Modality: 'RTSTRUCT'
Manufacturer: 'MathWorks'
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ReferringPhysicianName: [1x1 struct]
StationName: ''
SeriesDescription: ''
ManufacturerModelName: 'MATLAB'
PatientName: [1x1 struct]
PatientID: ''
PatientBirthDate: ''
PatientSex: ''
StudyInstanceUID: '1.2.826.0.1.3680043.8.274.1.1.2729954696.96242.3632970675.507'
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InstanceNumber: []
StructureSetLabel: ''
StructureSetName: ''
StructureSetDate: ''
StructureSetTime: ''
ReferencedFrameOfReferenceSequence: [1x1 struct]
StructureSetROISequence: [1x1 struct]
ROIContourSequence: [1x1 struct]
RTROIObservationsSequence: [1x1 struct]
ROI 정보 추출
codecontour = dicomContours(info)
outputcontour =
dicomContours のプロパティ:
ROIs: [2x5 table]
시각화
codefigure;
plotContour(contour);
참고
point = [73 50 15.5]; % 切断平面上の点
normal = [0 15 20]; % 法線ベクトル
[B,x,y,z] = obliqueslice(D1,point,normal);
figure;
surf(x,y,z,B,'EdgeColor','None');
code
info = dicominfo('rtstruct.dcm')
output
info =
Filename: 'C:\Program Files\MATLAB\R2020a\toolbox\images\imdata\rtstruct.dcm'
FileModDate: '03-6-2019 13:27:31'
FileSize: 1910148
Format: 'DICOM'
FormatVersion: 3
Width: []
Height: []
BitDepth: []
ColorType: ''
FileMetaInformationGroupLength: 214
FileMetaInformationVersion: [2x1 uint8]
MediaStorageSOPClassUID: '1.2.840.10008.5.1.4.1.1.481.3'
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TransferSyntaxUID: '1.2.840.10008.1.2.1'
ImplementationClassUID: '1.3.6.1.4.1.9590.100.1.3.100.9.4'
ImplementationVersionName: 'MATLAB IPT 9.4'
SOPClassUID: '1.2.840.10008.5.1.4.1.1.481.3'
SOPInstanceUID: '1.3.6.1.4.1.9590.100.1.2.19011082236500333523568627692152273876'
StudyDate: ''
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AccessionNumber: ''
Modality: 'RTSTRUCT'
Manufacturer: 'MathWorks'
InstitutionName: ''
ReferringPhysicianName: [1x1 struct]
StationName: ''
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ManufacturerModelName: 'MATLAB'
PatientName: [1x1 struct]
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PatientBirthDate: ''
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SeriesInstanceUID: '1.2.826.0.1.3680043.8.274.1.1.7145442384.75872.7982248107.258'
StudyID: ''
SeriesNumber: []
InstanceNumber: []
StructureSetLabel: ''
StructureSetName: ''
StructureSetDate: ''
StructureSetTime: ''
ReferencedFrameOfReferenceSequence: [1x1 struct]
StructureSetROISequence: [1x1 struct]
ROIContourSequence: [1x1 struct]
RTROIObservationsSequence: [1x1 struct]
ROI 정보 추출
code
contour = dicomContours(info)
output
contour =
dicomContours のプロパティ:
ROIs: [2x5 table]
시각화
code
figure;
plotContour(contour);
참고
감사의 말
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목차에 대한 링크
MATLAB에 의한 화상 처리 · 컴퓨터 비전 입문 목차
Reference
이 문제에 관하여(2.1.2 이미지, 3 차원 볼륨 데이터, 의료 이미지 (DICOM/NIfTI) 표시), 우리는 이곳에서 더 많은 자료를 발견하고 링크를 클릭하여 보았다
https://qiita.com/tohruk/items/43b3dd1451b99b99cde3
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